Berdasarkan Pasal 16 Peraturan Menteri Keuangan (PMK) Nomor 59 Tahun 2022, instansi pemerintah ditunjuk sebagai salah satu pihak yang wajib melakukan pemungutan Pajak Pertambahan Nilai (PPN) atau PPN dan Pajak Penjualan atas Barang Mewah (PPnBM) atas penyerahan Barang Kena Pajak (BKP) dan/atau Jasa Kena Pajak (JKP) oleh Pengusaha Kena Pajak (PKP) rekanan pemerintah. Dengan demikian, instansi pemerintah berperan sebagai pemungut pajak yang bertugas memungut, menyetor, dan melaporkan PPN yang terutang atas transaksi tersebut.

Namun, tidak semua transaksi dengan instansi pemerintah dikenakan pemungutan PPN oleh instansi pemerintah. Sesuai dengan Pasal 18 Ayat (1) PMK 59/PMK.03/2022 s.t.d.t.d PMK 11/2025, terdapat 8 jenis transaksi yang PPN atau PPN dan PPnBM-nya tidak dipungut oleh instansi pemerintah. Dalam transaksi ini, kewajiban pemungutan, penyetoran, dan pelaporan PPN tetap menjadi tanggung jawab PKP rekanan pemerintah. Berikut adalah jenis transaksi yang tidak dipungut PPN oleh instansi pemerintah:

1. pembayaran yang jumlahnya paling banyak Rp2.000.000,00 (dua juta rupiah) tidak termasuk jumlah PPN atau PPN dan PPnBM yang terutang, dan bukan merupakan pembayaran yang dipecah dari suatu transaksi yang nilai sebenarnya lebih dari Rp2.000.000,00 (dua juta rupiah);
2. pembayaran dengan kartu kredit pemerintah atas belanja instansi pemerintah;
3. pembayaran untuk pengadaan tanah;
4. pembayaran atas penyerahan bahan bakar minyak dan bahan bakar bukan minyak oleh PT Pertamina (Persero) dan/atau anak usaha PT Pertamina (Persero) yang meliputi PT Pertamina Patra Niaga, PT Kilang Pertamina Internasional, dan PT Elnusa Pertrofin;
5. pembayaran atas penyerahan jasa telekomunikasi oleh perusahaan telekomunikasi;
6. pembayaran atas jasa angkutan udara yang diserahkan oleh perusahaan penerbangan;
7. pembayaran atas penyerahan BKP dan/atau JKP yang menurut ketentuan peraturan perundang-undangan di bidang perpajakan, mendapat fasilitas PPN tidak dipungut atau dibebaskan dari pengenaan PPN; dan/atau
8. pembayaran dengan mekanisme Uang Persediaan atas penyerahan BKP dan/atau JKP oleh PKP rekanan pemerintah kepada instansi pemerintah yang dilakukan melalui Pihak Lain dalam Sistem Informasi Pengadaan.

Dalam transaksi-transaksi tersebut, instansi pemerintah tidak melakukan pemungutan PPN atau PPnBM. Sebaliknya, PKP rekanan pemerintah yang melakukan penyerahan BKP/JKP bertanggung jawab untuk memungut, menyetor, dan melaporkan PPN sesuai ketentuan perpajakan yang berlaku. Hal ini bertujuan untuk menghindari pemungutan ganda dan mempermudah administrasi perpajakan.