Sebagaimana yang telah diketahui, sistem perpajakan di Indonesia menganut sistem self-assemement dimana pemerintah memberikan wewenang penuh kepada Wajib Pajak untuk menghitung, menyetorkan, dan melaporkan sendiri pajaknya.

SPT Tahunan dapat berstatus Kurang Bayar, Nihil, atau Lebih Bayar. Jika SPT Tahunan Wajib Pajak berstatus Lebih Bayar, maka pemerintah akan mengembalikan atas kelebihan pembayaran pajak yang telah dilakukan, dapat dengan cara pengembalian pendahuluan kelebihan pembayaran pajak atau melalui pemeriksaan pajak. Namun, tidak semua lebih bayar pada SPT Tahunan dianggap kelebihan pembayaran pajak. Pada Pasal 22 PER 3/PJ/2026 tentang Tata Cara Penyampaian, Penerimaan, dan Pengolahan SPT disebutkan jika nilai lebih bayar dalam SPT yang disampaikan oleh Wajib Pajak dianggap bukan merupakan kelebihan pembayaran pajak, dalam hal:

1. nilai lebih bayar dalam SPT tersebut disebabkan karena perbedaan pembulatan penghitungan pajak dalam sistem administrasi Direktorat Jenderal Pajak;
2. nilai lebih bayar dalam SPT tersebut berasal dari PPh yang ditanggung oleh pemerintah;
3. nilai lebih bayar dalam SPT Tahunan Wajib Pajak orang pribadi karena:

1. terdapat kesalahan pencantuman PPh Pasal 21 terutang atas penghasilan sehubungan dengan pekerjaan yang dikreditkan;
2. terdapat kesalahan pencantuman kredit pajak yang berasal dari penghasilan sehubungan dengan pekerjaan dan/atau penghasilan dalam negeri lainnya yang tidak disertai dengan pencantuman penghasilan terkait;
3. terdapat kesalahan pencantuman kredit pajak bersifat final yang diperhitungkan dengan penghasilan yang dikenai PPh tidak bersifat final, termasuk kredit pajak yang diperoleh istri dengan penghasilan dari satu pemberi kerja;
4. nilai lebih bayar dalam SPT yang disampaikan oleh pegawai negeri sipil, anggota Tentara Nasional Indonesia, anggota Kepolisian Republik Indonesia, dan pejabat negara yang memenuhi ketentuan sebagai berikut:

1. hanya menerima penghasilan yang dibebankan pada anggaran pendapatan dan belanja negara dan/atau anggaran pendapatan dan belanja daerah; dan
2. kelebihan pembayaran pajak tersebut berasal dari penghitungan PPh terutang menurut Wajib Pajak lebih kecil daripada PPh Pasal 21 terutang berdasarkan bukti pemotongan PPh Pasal 21/26 formulir BPA2-Bukti Pemotongan PPh Pasal 21 bagi Pegawai Negeri Sipil atau Anggota Tentara Nasional Indonesia atau Anggota Kepolisian Republik Indonesia atau Pejabat Negara atau Pensiunannya.