Permohonan penghapusan NPWP dapat diajukan oleh Wajib Pajak sendiri, wakil, atau kuasanya. Misalnya, untuk Wajib Pajak orang pribadi yang telah meninggal dan tidak meninggalkan warisan, permohonan penghapusan NPWP dapat diajukan oleh keluarga sedarah atau semenda. Untuk Wajib Pajak orang pribadi yang telah meninggalkan Indonesia untuk selama-lamanya, permohonannya dapat diajukan oleh kuasa sebagaimana dimaksud dalam Pasal 32 Ayat (3) Undang-Undang Ketentuan Umum dan Tata Cara Perpajakan. Bagi Wajib Pajak Warisan Belum Terbagi dalam hal warisan telah selesai dibagi, permohonan dapat diajukan oleh salah seorang ahli waris, pelaksana wasiat, pihak yang mengurus harta peninggalan, atau kuasa dari wakil Wajib Pajak Warisan Belum Terbagi. Lalu, untuk Instansi Pemerintah yang sudah tidak memenuhi persyaratan sebagai pemotong dan/atau pemungut pajak sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan di bidang perpajakan yang dilikuidasi, permohonannya dapat diajukan oleh penanggung jawab proses likuidasi Instansi Pemerintah.

Permohonan penghapusan NPWP ini dapat diajukan bersamaan atau setelah pengajuan permohonan pencabutan pengukuhan Pengusaha Kena Pajak (PKP). Dijelaskan dalam Pasal 44 PER 7/PJ/2025, permohonan penghapusan NPWP dilakukan secara elektronik melalui Portal Wajib Pajak, laman atau aplikasi lain yang terintegrasi dengan sistem administrasi Direktorat Jenderal Pajak, dan/atau Contact Center. Namun, Wajib Pajak juga bisa melakukannya secara langsung atau melalui pos, perusahaan jasa ekspedisi, atau jasa kurir ke Kantor Pelayanan Pajak (KPP), Kantor Pelayanan, Penyuluhan, dan Konsultasi Perpajakan, atau tempat lain yang ditetapkan oleh Direktur Jenderal Pajak.