Walaupun pajak ditanggung pemerintah, kewajiban administrasi perpajakan tidak hilang. Justru tanggung jawab terbesar berada pada instansi pemerintah yang membayarkan penghasilan peserta magang.

Instansi pemerintah tetap harus menghitung, memotong, menyetorkan, dan melaporkan Pajak Penghasilan Pasal 21 sesuai ketentuan perpajakan. Selain itu instansi wajib menyampaikan laporan realisasi pemanfaatan insentif kepada Direktorat Jenderal Pajak setiap masa pajak paling lambat tanggal dua puluh bulan berikutnya.

Laporan tersebut disampaikan secara elektronik melalui sistem yang terintegrasi dengan administrasi DJP. Jika laporan tidak disampaikan tepat waktu, Direktorat Jenderal Pajak dapat menagih kembali insentif yang telah diberikan.

Ketentuan ini menunjukkan bahwa fasilitas pajak bukan berarti bebas administrasi. Pemerintah tetap mengawasi pelaksanaannya agar tidak terjadi penyalahgunaan subsidi pajak.

Dengan demikian, risiko kepatuhan dalam PMK ini lebih banyak berada pada instansi pemerintah sebagai pemotong pajak, bukan pada peserta magang.