Sama dengan prosedur pengembalian pendahuluan kelebihan pembayaran pajak untuk Wajib Pajak dengan kriteria tertentu, Wajib Pajak yang memenuhi persyaratan tertentu juga harus mengajukan permohonan dengan cara mengisi kolom pengembalian pendahuluan kelebihan pembayaran pajak dalam SPT. Setelah itu, Direktur Jenderal Pajak akan melakukan penelitian SPT.

Dalam Pasal 10 Ayat (2) PMK 28/2026 disebutkan bahwa penelitian SPT dilakukan untuk mengecek:

1. kebenaran penulisan dan penghitungan pajak;
2. bukti pemotongan atau bukti pemungutan Pajak Penghasilan dan/atau bukti pembayaran Pajak Penghasilan yang dikreditkan Wajib Pajak pemohon;
3. Pajak Masukan yang dikreditkan dan/atau dibayar sendiri oleh Wajib Pajak pemohon; dan
4. pemenuhan kegiatan yang meliputi:

1. ekspor barang kena pajak berwujud;
2. penyerahan barang kena pajak dan/atau penyerahan jasa kena pajak kepada pemungut Pajak Pertambahan Nilai;
3. penyerahan barang kena pajak dan/atau penyerahan jasa kena pajak yang Pajak Pertambahan Nilainya tidak dipungut;
4. ekspor barang kena pajak tidak berwujud; dan/atau
5. ekspor jasa kena pajak,

dalam hal permohonan pengembalian pendahuluan kelebihan pembayaran pajak sebagaimana dimaksud pada ayat (1) diajukan pada Masa Pajak selain akhir tahun buku.

Setelah penelitian dilakukan, Direktur Jenderal Pajak akan menerbitkan Surat Keputusan Pengembalian Pendahuluan Kelebihan Pajak apabila hasil penelitian menunjukkan terdapat kelebihan pembayaran pajak atau tidak menerbitkan Surat Keputusan Pengembalian Pendahuluan Kelebihan Pajak dan memberitahukan kepada Wajib Pajak, apabila hasil penelitian menunjukkan tidak terdapat kelebihan pembayaran pajak.

Surat Keputusan Pengembalian Pendahuluan Kelebihan Pajak diterbitkan paling lama:

1. 15 (lima belas) hari kerja, untuk permohonan pengembalian pendahuluan kelebihan pembayaran PPh orang pribadi;
2. 1 (satu) bulan, untuk permohonan pengembalian pendahuluan kelebihan pembayaran PPh Badan; atau
3. 1 (satu) bulan, untuk permohonan pengembalian pendahuluan kelebihan pembayaran PPN,

sejak permohonan diterima.

Apabila jangka waktu terlampaui dan Direktur Jenderal Pajak tidak menerbitkan Surat Keputusan Pengembalian Pendahuluan Kelebihan Pajak atau pemberitahuan, permohonan Wajib Pajak dianggap dikabulkan dan Direktur Jenderal Pajak menerbitkan Surat Keputusan Pengembalian Pendahuluan Kelebihan Pajak setelah jangka waktu berakhir.