Sistem pemungutan pajak merupakan cara yang digunakan untuk menghitung besarnya pajak yang perlu dibayarkan oleh Wajib Pajak kepada negara. Di Indonesia, ada 3 (tiga) sistem pemungutan pajak yang digunakan, yaitu:

1. Self-Assessment System

Dalam sistem pemungutan pajak ini, wewenang untuk menentukan besarnya pajak yang terutang ada pada Wajib Pajak itu sendiri. Dengan kata lain, Wajib Pajak adalah pihak yang berperan aktif dalam menghitung, membayar dan melaporkan pajak kepada kantor Pelayanan Pajak (KPP).

Ciri-ciri dari sistem pemungutan pajak self-assessment adalah:

• Wajib Pajak menentukan sendiri besaran pajak terutang;
• Wajib Pajak berperan aktif dalam menyelesaikan kewajiban perpajakannya (perhitungan, pembayaran, dan pelaporan);
• Pemerintah tidak ikut campur dan hanya mengawasi;
• Ditetapkan pada jenis pajak pusat, seperti Pajak Penghasilan (PPh) dan Pajak Pertambahan Nilai (PPN).

2. Official Assessment System

Dalam sistem pemungutan pajak ini, wewenang untuk menentukan besarnya pajak yang terhutang ada pada pihak aparat pajak atau fiskus. Partisipasi Wajib Pajak biasanya bersifat pasif dan hutang pajak hanya dapat digunakan setelah otoritas pajak mengeluarkan surat ketetapan pajaknya. Official assessment system dilakukan pada pelunasan Pajak Bumi dan Bangunan (PBB) atau jenis pajak daerah lainnya.

Ciri-ciri dari sistem pemungutan pajak official assessment adalah:

• Petugas pajak berwenang menghitung dan memungut besaran pajak terutang;
• Wajib Pajak berperan pasif;
• Besaran pajak akan diketahui oleh Wajib Pajak setelah petugas pajak melakukan perhitungan dan menerbitkan SKP;
• Pemerintah memiliki hak penuh pada saat menentukan besaran pajak yang perlu dibayarkan.

3. Withholding Assessment System

Dalam sistem pemungutan pajak ini, wewenang untuk menentukan besarnya pajak yang terhutang ada pada pihak ketiga yang bukan merupakan Wajib Pajak dan bukan juga aparat pajak. Contoh dari withholding assessment system adalah pemotongan penghasilan karyawan yang dilakukan oleh bendahara instansi atau perusahaan terkait. Jadi, para karyawan tidak perlu untuk membayar pajak terutangnya sendiri. Jenis pajak yang menggunakan sistem pemungutan pajak ini adalah PPh Pasal 21, PPh Pasal 22, PPh Pasal 23, PPh Final Pasal 4 Ayat (2), dan PPN. Bukti potong biasanya digunakan sebagai bukti atas pelunasan pajak yang telah dipotong atau dipungut.

Ciri-ciri dari sistem pemungutan pajak withholding assessment adalah:

• Wajib Pajak dan pemerintah tidak berperan aktif dalam menghitung besaran pajak;
• Pihak ketiga berwenang menentukan besarnya pajak terutang;
• Ada bukti potong/pungut bagi Wajib Pajak yang telah melunasi pajak terutang.