Sertifikat Elektronik adalah sertifikat yang bersifat elektronik yang memuat tanda tangan elektronik dan identitas yang menunjukkan status subjek hukum para pihak dalam transaksi elektronik yang dikeluarkan oleh DJP atau penyelenggara sertifikat elektronik. Sertifikat elektronik sangatlah penting bagi Wajib Pajak. Tanpa adanya sertifikat elektronik, Wajib Pajak tidak dapat mengakses layanan perpajakan secara elektronik. Layanan perpajakan secara elektronik yang harus diakses dengan sertifikat elektronik diantaranya:

• permintaan Nomor Seri Faktur Pajak;
• pembuatan Faktur Pajak berbentuk elektronik (e-faktur);
• pembuatan bukti pemotongan atau pemungutan berbentuk elektronik, pembuatan dan pelaporan SPT Masa Unifikasi;
• pembuatan bukti pemotongan berbentuk elektronik, pembuatan dan pelaporan SPT eBupot 21;
• pengajuan surat keberatan secara elektronik;
• pengajuan pengungkapan ketidakbenaran pengisian SPT oleh Wajib Pajak secara elektronik;
• pengajuan pengungkapan ketidakbenaran perbuatan Wajib Pajak secara elektronik;
• permohonan e-Pbk;
• Layanan Perpajakan Secara Elektronik lainnya yang ditentukan dan/atau disediakan oleh DJP.

Sertifikat elektronik berlaku selama 2 (dua) tahun. Apabila masa berlakunya telah habis, maka Wajib Pajak harus melakukan perpanjangan ke KPP tempat Wajib pajak terdaftar.

Namun, saat implementasi coretax DJP nanti, sertifikat elektronik untuk Wajib Pajak badan sudah tidak lagi digunakan. Hal ini dikarenakan semua tanda tangan yang digunakan dalam setiap dokumen menggunakan tanda tangan Wakil Wajib Pajak atau Kuasa. Nantinya, setiap Wajib Pajak orang pribadi akan memiliki sertifikat elektronik masing-masing yang akan digunakan sebagai pengganti tanda tangan yang dibutuhkan saat menggunakan layanan perpajakan secara elektronik.

Saat ini DJP sedang gencar memperkenalkan sistem coretax yang bertujuan untuk mempermudah administrasi perpajakan serta meningkatkan transaransi dan akurasi data perpajakan kepada Wajib Pajak.