Penyidikan Tindak Pidana di Bidang Perpajakan, yang selanjutnya disebut penyidikan adalah serangkaian tindakan yang dilakukan oleh penyidik untuk mencari serta mengumpulkan bukti yang dengan bukti itu membuat terang Tindak Pidana di Bidang Perpajakan yang terjadi serta menemukan tersangkanya.

Penyidikan hanya dapat dilakukan oleh penyidik dan dilakukan berdasarkan Surat Perintah Penyidikan. Surat Perintah Penyidikan sendiri dibuat berdasarkan Laporan Kejadian yang berasal dari kegiatan Pemeriksaan Bukti Permulaan, penanganan Tindak Pidana yang diketahui seketika atau pengembangan penyidikan.

Terdapat beberapa kegiatan yang dilakukan pada saat dilakukan penyidikan, yaitu:

1. Pemanggilan;
2. Pemeriksaan;
3. Penangkapan;
4. Penahanan;
5. Penggeledahan;
6. Pemblokiran dan/atau Penyitaan;
7. Penanganan Data Elektronik;
8. Pencegahan;
1. Penetapan tersangka;
10. Pemberkasan;
11. Penyerahan berkas perkara;
50. Penyerahan tanggung jawab atas tersangka dan barang bukti; dan/atau
1000. Penghentian penyidikan.

Surat Perintah Penyidikan sebagai dasar dilakukannya penyidikan paling sedikit memuat dasar penyidikan, identitas terlapor atau tersangka, identitas tim penyidik, perkara yang dilakukan penyidikan, waktu terjadinya Tindak Pidana, tempat terjadinya Tindak Pidana, dan identitas penyidik selaku pejabat pemberi perintah. Surat Perintah Penyidikan ini menjadi dasar diterbitkannya Surat Pemberitahuan Dimulainya Penyidikan yang disampaikan kepada Penuntut Umum melalui penyidik pejabat Kepolisian Negara Republik Indonesia dan Terlapor atau Tersangka. Surat Pemberitahuan Dimulainya Penyidikan disampaikan paling lama 7 (tujuh) hari setelah diterbitkan Surat Perintah Penyidikan.