Kompensasi Pajak Masukan dapat dilakukan terus-menerus tanpa batas waktu. Namun, perlu diperhatikan kembali penghitungan dan kompensasi tersebut telah dilakukan dengan benar. Jika dilakukan pemeriksaan terhadap Wajib Pajak dan ditemukan bahwa terdapat Pajak Masukan yang ternyata tidak seharusnya dikompensasikan, Direktur Jenderal Pajak dapat menerbitkan Surat Keterangan Pajak Kurang Bayar (SKPKB).  

Hal ini diatur dalam Pasal 13 Ayat (1) Undang-Undang Nomor 7 Tahun 2021 tentang Harmonisasi Peraturan Perpajakan (UU HPP) yang menyebutkan bahwa Direktur Jenderal Pajak dapat menerbitkan SKPKB dalam jangka waktu 5 (lima) tahun setelah saat terutangnya pajak atau berakhirnya Masa Pajak, Bagian Tahun Pajak, atau Tahun Pajak setelah dilakukan tindakan pemeriksaan dalam hal terdapat Pajak Pertambahan Nilai (PPN) dan Pajak Penjualan atas Barang Mewah (PPnBM) ternyata tidak seharusnya dikompensasikan selisih lebih pajak atau tidak seharusnya dikenai tarif 0% (nol persen).

Apabila terdapat PPN dan PPnBM yang ternyata tidak seharusnya dikompensasikan atau tidak seharusnya dikenai tarif 0%, maka akan muncul sanksi administrasi dalam SKPKB yang diterbitkan, yaitu kenaikan sebesar 75% (tujuh puluh lima persen) dari PPN atau PPnBM yang tidak atau kurang dibayar.

Sebagai informasi, sebelum berlakunya UU HPP, besaran sanksi administrasi atas PPN atau PPnBM yang tidak seharusnya dikompensasikan atau tidak seharusnya dikenai tarif 0% ditetapkan sebesar 100%.