Penghitungan pengembalian kelebihan pembayaran pajak dan/atau pemberian imbalan bunga dengan utang pajak dan/atau pajak yang akan terutang atau Deposit Pajak dituangkan dalam nota penghitungan kelebihan pembayaran pajak. Nota penghitungan kelebihan pembayaran pajak tersebut nantinya menjadi dasar yang digunakan Kepala Kantor Pelayanan Pajak (KPP) untuk menerbitkan Surat Keputusan Pengembalian Kelebihan Pembayaran Pajak, yang terdiri dari 2 (dua) jenis, yaitu Surat Keputusan Pengembalian Kelebihan Pembayaran Pajak dengan nomor rekening dan tanpa nomor rekening, tergantung ada atau tidaknya nomor rekening pada profil Wajib Pajak dalam basis data perpajakan.

Selanjutnya, atas dasar Surat Keputusan Pengembalian Pendahuluan Kelebihan Pembayaran Pajak tersebut, Kepala KPP atas nama Menteri:

1. menerbitkan Surat Perintah Membayar Kelebihan Pajak atau Surat Perintah Membayar Imbalan Bunga, dalam hal Surat Keputusan Pengembalian Kelebihan Pembayaran Pajak diterbitkan dengan nomor rekening; atau
2. tidak menerbitkan Surat Perintah Membayar Kelebihan Pajak atau Surat Perintah Membayar Imbalan Bunga, dalam hal Surat Keputusan Pengembalian Kelebihan Pembayaran Pajak diterbitkan tanpa nomor rekening.

Dalam hal tidak diterbitkan Surat Perintah Membayar Kelebihan Pajak atau Surat Perintah Membayar Imbalan Bunga, Kepala KPP menyampaikan pemberitahuan kepada Wajib Pajak bahwa Surat Perintah Membayar Kelebihan Pajak atau Surat Perintah Membayar Imbalan Bunga tidak diterbitkan dan meminta Wajib Pajak melakukan pemutakhiran nomor rekening pada profil Wajib Pajak dalam basis data perpajakan. Setelah Wajib Pajak melakukan pemutakhiran nomor rekening, Kepala KPP melengkapi Surat Keputusan Pengembalian Kelebihan Pembayaran Pajak dengan rekening yang diberitahukan oleh Wajib Pajak dan menerbitkan Surat Perintah Membayar Kelebihan Pajak atau Surat Perintah Membayar Imbalan Bunga.