Sebagai respon atas keluhan para wajib pajak terkait pembuatan faktur pajak di sistem Coretax yang seringkali bermasalah, Direktur Jenderal Pajak menerbitkan Keputusan Direktur Jenderal Pajak Nomor KEP-54/PJ/2025 tentang Penetapan Pengusaha Kena Pajak Tertentu. Keputusan ini diterbitkan untuk memberikan kemudahan dalam pembuatan faktur pajak, diberikan saluran tambahan pembuatan faktur pajak bagi Pengusaha Kena Pajak.

Lebih lanjut, Keputusan ini menetapkan bahwa Pengusaha Kena Pajak tertentu dapat membuat faktur pajak dengan menggunakan aplikasi e-Faktur Client Desktop dan aplikasi e-Faktur Host-to-Host. Pengusaha Kena Pajak tertentu yaitu Pengusaha Kena Pajak selain Pengusaha Kena Pajak yang ditetapkan sebelumnya.

Jadi, dengan diterbitkannya Keputusan Direktur Jenderal Pajak Nomor KEP-54/PJ/2025 ini, seluruh Pengusaha Kena Pajak yang memiliki kendala pembuatan faktur pajak pada sistem Coretax dapat kembali menggunakan aplikasi e-Faktur Client Desktop dan aplikasi e-Faktur Host-to-Host. Namun, terdapat 2 jenis Pengusaha Kena Pajak yang dikecualikan dari Keputusan Direktur Jenderal Pajak Nomor KEP-54/PJ/2025 sehingga tidak dapat menggunakan aplikasi e-Faktur Client Desktop, yaitu Pengusaha Kena Pajak yang dikukuhkan setelah 1 Januari 2025 dan PKP yang menjadikan cabang sebagai tempat pemusatan. Penerbitan faktur pajak keluaran dengan kode transaksi 07 (faktur pajak untuk penyerahan ke Tempat Penimbunan Berikat (TPB), Kawasan Bebas, dan Kawasan Ekonomi Khusus (KEK)) juga tidak dapat dilakukan di aplikasi e-Faktur Client Desktop karena data yang divalidasi dan di-prepopulated berasal dari sistem DJBC dan Lembaga Nasional Single Window (LNSW) yang kini hanya terkoneksi dengan sistem Coretax.