Pemeriksaan pajak merupakan salah satu instrumen utama Direktorat Jenderal Pajak (DJP) untuk memastikan kepatuhan Wajib Pajak. Pemeriksaan pajak merupakan kewenangan yang dimiliki DJP sesuai amanat ketentuan Pasal 29 UU KUP. Terdapat sejumlah perubahan ketentuan dan prosedur pemeriksaan pajak dengan diberlakukannya Peraturan Menteri Keuangan Nomor 15 Tahun 2025 (PMK 15/2025).

Untuk dapat menjalankan kewajiban pajak dan mengelola pemeriksaan pajak dengan baik, maka Wajib Pajak perlu memahami beberapa perubahan penting ketentuan pemeriksaan sebagai berikut:
1.    Tipe Pemeriksaan 
PMK 15/2025 mengatur 3 jenis pemeriksaan yaitu Pemeriksaan Lengkap, Pemeriksaan Terfokus dan Pemeriksaan Spesifik. Pemeriksaan Lengkap dilakukan untuk keseluruhan pos-pos yang dilaporkan dalam SPT Tahunan secara mendalam. Pemeriksaan Terfokus adalah pemeriksaan beberapa pos tertentu secara mendalam. Sedangkan, Pemeriksaan Spesifik merupakan pemeriksaan sederhana atas pos-pos tertentu. Hal ini berbeda dengan ketentuan sebelumnya yang hanya mengenal tipe Pemeriksaan Lapangan dan Pemeriksaan Kantor.

2.    Penambahan Jenis Pajak yang Diperiksa
Selain Pajak Penghasilan (PPh), PPN, dan PBB, PMK 15/2025 memperluas ruang lingkup pemeriksaan ke jenis pajak baru seperti:
•    Pajak Karbon
•    Bea Meterai
•    Pajak Penjualan

3.    Jangka waktu Pemeriksaan
Jangka waktu pemeriksaan pajak terdiri dari jangka waktu pengujian dan jangka waktu pembahasan. Jangka waktu pengujian untuk Pemeriksaan Lengkap adalah 5 bulan, Pemeriksaan Terfokus 3 bulan dan Pemeriksaan Spesifik 1 bulan. Jangka waktu pengujian dihitung sejak Surat Pemberitahuan Pemeriksaan disampaikan kepada Wajib Pajak sampai dengan diterbitkannya Surat Pemberitahuan Hasil Pemeriksaan (SPHP). Sedangkan, jangka waktu pembahasan adalah 30 hari dihitung sejak SPHP sampai dengan Pelaporan Hasil Pemeriksaan.

4.    Pembahasan Temuan Sementara sebelum SPHP
Aturan ini mengenalkan prosedur baru yaitu adanya kewajiban Pemeriksa melakukan pembahasan temuan sementara terkait dengan temuan-temuan yang dihasilkan. Wajib Pajak diberikan kesempatan untuk menanggapi dan membahas temuan sementara tersebut dengan menyampaikan penjelasan, data, dokumen yang mendukung. Pembahasan temuan dementara dilakukan paling lambat 1 bulan sebelum jangka waktu pengujian berakhir. Namun, kewajiban ini tidak berlaku untuk Pemeriksaan Spesifik.

5.    Perubahan Jangka Waktu Tanggapan SPHP
Wajib Pajak kini diwajibkan memberikan tanggapan tertulis atas SPHP dalam waktu paling lama 5 hari kerja, lebih singkat dibandingkan aturan sebelumnya yang memberikan waktu hingga 7 hari kerja. Aturan baru ini juga tidak memberikan waktu perpanjangan penyampaian Tanggapan SPHP, dimana sebelumnya diberikan perpanjangan 3 hari kerja sehingga total waktu yang tersedia adalah 10 hari kerja. Namun, dengan berakunya PMK 15 ini, total waktu yang tersedia bagi Wajib Pajak untuk menanggapi SPHP hanya 5 hari kerja. Ini hal penting yang harus diperhatikan Wajib Pajak.

6.    Penambahan Kriteria Pemeriksaan untuk Tujuan Lain
Jumlah kriteria tindakan pemeriksaan untuk tujuan lain meningkat dari 12 menjadi 25 jenis tindakan. Salah satu contohnya adalah pengujian atas fasilitas perpajakan yang telah diberikan kepada Wajib Pajak.

7.    Penggunaan Data Elektronik dan Penyegelan
Aturan baru memungkinkan penggunaan data elektronik sebagai bukti dalam pemeriksaan serta penyegelan tempat atau media penyimpanan data jika diperlukan untuk menjaga integritas bukti selama proses pemeriksaan.

8.    Penghitungan Penghasilan Kena Pajak secara Jabatan
Jika dokumen yang disediakan oleh Wajib Pajak tidak cukup atau menyulitkan proses pemeriksaan, seperti tidak menyampaikan dokumen yang diminta, pemeriksa dapat menghitung penghasilan kena pajak secara jabatan dan bahkan mengusulkan pemeriksaan bukti permulaan jika terdapat indikasi tindak pidana perpajakan.

9.    Pentingnya menghadiri Pembahasan Akhir Hasil Pemeriksaan
Kehadiran maupun ketidakhadiran Wajib Pajak dalam undangan Pembahasan Akhir Pemeriksaan dapat membawa konsekuensi hasil yang berbeda. Jika Wajib Pajak hadir, maka pembahasan dapat dilakukan sehingga pajak terutang dalam SKP adalah sesuai hasil pembahasan. Namun, jika Wajib Pajak tidak hadir, maka pajak Terutang dalam SKP adalah sesuai dengan SPHP. Bahkan jika Wajib Pajak tidak menyampaikan tanggapan SPHP dan juga tidak menghadiri undangan Pembahasan Akhir maka Wajib Pajak dianggap menyetujui hasil pemeriksaan. Hal ini tentu membawa dampak yang serius bagi kinerja dan operasional perusahaan sehingga manajemen harus benar-benar menaruh perhatian penting terhadap kegiatan pemeriksaan pajak ini.