Perbedaan pemahaman dalam perpajakan dapat menimbulkan sengketa antara Wajib Pajak dengan fiskus. Namun, Wajib Pajak mempunyai hak untuk mengajukan keberatan apabila terjadi sengketa perpajakan, termasuk sengketa terkait Pajak Bumi dan Bangunan (PBB). Khusus untuk Sektor PBB Pedesaan dan Perkotaan (PBB-P2), prosesnya diatur oleh daerah, karena termasuk Pajak Daerah. Namun, untuk PBB P5L, diproses melalui DJP karena merupakan Pajak Pusat.

Berdasarkan Pasal 15 Undang-Undang PBB, Wajib Pajak diberikan hak untuk mengajukan keberatan baik atas Surat Penetapan Pajak Terutang (SPPT) maupun Surat Ketetapan Pajak (SKP). Permohonan keberatan atas SPPT diajukan ketika tagihan rutin PPB yang diterima dianggap tidak sesuai. Misalnya, data objek (luas tanah/bangunan), NJOP yang dipakai atau subjek pajaknya. Sedangkan permohonan keberatan atas SKP diajukan dalam hal Wajib Pajak tidak setuju dengan hasil pemeriksaan yang dilakukan oleh DJP.

Dalam pengajuan permohonan keberatan, terdapat persyaratan yang harus dipenuhi. Persyaratan tersebut hampir sama dengan permohonan keberatan pajak lainnya, antara lain: diajukan secara tertulis dalam bahasa Indonesia dengan menyatakan alasan yang jelas, diajukan dalam jangka waktu 3 (tiga) bulan sejak diterimanya surat serta perlu diingat bahwa pengajuan keberatan tidak menunda kewajiban pembayaran pajak.

Sepanjang proses keberatan, Wajib Pajak dapat menyampaikan alasan tambahan atau penjelasan tertulis sebagai bahan pertimbangan. DJP dalam jangka waktu paling lama 12 (dua belas) bulan sejak surat keberatan diterima, wajib memberikan keputusan keberatan. Apabila dalam jangka waktu tersebut DJP tidak memberi keputusan, permohonan keberatan Wajib Pajak dianggap diterima. Keputusan yang dapat diberikan oleh DJP dapat berupa menerima seluruhnya atau sebagian serta menolak atau menambah besarnya jumlah pajak yang terutang. Dalam hal Wajib Pajak tidak setuju dengan keputusan keberatan yang diterbitkan oleh DJP, Wajib Pajak dapat mengajukan banding ke Pengadilan Pajak.