Sengketa pajak harus diselesaikan secara adil bagi pihak-pihak yang bersangkutan lewat prosedur yang cepat, murah, dan sederhana. Oleh karena itu, dalam Undang-Undang tentang Pengadilan Pajak ditentukan bahwa putusan Pengadilan Pajak merupakan putusan akhir yang mempunyai keputusan hukum tetap. Namun, putusan tersebut masih dapat diajukan Peninjauan Kembali ke Mahkamah Agung oleh pihak-pihak yang bersengketa. Peninjauan Kembali ke Mahkamah Agung merupakan upaya hukum luar biasa. Mahkamah Agung akan melakukan penilaian terhadap kedua aspek pemeriksaan yaitu penerapan hukum dan fakta-fakta yang mendasari terjadinya sengketa perpajakan.

Permohonan Peninjauan Kembali hanya dapat diajukan 1 (satu) kali kepada Mahkamah Agung melalui Pengadilan Pajak. Perlu diingat bahwa permohonan Peninjauan Kembali yang diajukan tidak menangguhkan atau menghentikan pelaksanaan putusan Pengadilan Pajak. Dalam Undang-Undang Pengadilan Pajak diatur bahwa permohonan Peninjauan Kembali hanya dapat diajukan berdasarkan alasan-alasan tertentu, yaitu:

1. Apabila putusan Pengadilan Pajak didasarkan pada suatu kebohongan atau tipu muslihat pihak lawan yang diketahui setelah perkaranya diputus atau didasarkan pada bukti-bukti yang kemudian oleh hakim pidana dinyatakan palsu;
2. Apabila terdapat bukti tertulis baru yang penting dan bersifat menentukan, yang apabila diketahui pada tahap persidangan di Pengadilan Pajak akan menghasilkan putusan yang berbeda;
3. Apabila telah dikabulkan suatu hal yang tidak dituntut atau lebih dari pada yang dituntut, kecuali yang diputus berdasarkan Pasal 80 ayat (1) huruf b dan huruf c Undang-Undang ini;
4. Apabila mengenai suatu bagian dari tuntutan belum diputus tanpa dipertimbangkan sebab- sebabnya; atau
5. Apabila terdapat suatu putusan yang nyata-nyata tidak sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan yang berlaku.

Permohonan Peninjauan Kembali diperiksa dan diputus dalam jangka waktu 6 (enam) bulan sejak permohonan diterima oleh Mahkamah Agung, dalam hal Pengadilan Pajak mengambil putusan melalui pemeriksaan acara biasa. Apabila Pengadilan Pajak mengambil putusan melalui pemeriksaan acara cepat, maka pemeriksaan dan pemutusan permohonan Peninjauan Kembali dilakukan dalam jangka waktu 1 (satu) bulan sejak permohonan diterima oleh Mahkamah Agung.