Setelah ditetapkan sebagai Pengusaha Kena Pajak (PKP) berisiko rendah, permohonan pengembalian pendahuluan kelebihan pembayaran pajak dapat dilakukan dengan cara mengisi kolom pengembalian pendahuluan kelebihan pembayaran pajak dalam SPT Masa PPN. Atas permohonan tersebut, Direktur Jenderal Pajak melakukan penelitian kewajiban formal pengembalian pendahuluan kelebihan pembayaran pajak, yaitu:

1. penetapan PKP berisiko rendah;
2. PKP tidak terlambat menyampaikan SPT Masa PPN dalam 12 (dua belas) bulan terakhir;
3. PKP tidak sedang dilakukan pemeriksaan atas Masa Pajak yang diajukan permohonan pengembalian pendahuluan kelebihan pembayaran pajak;
4. PKP tidak sedang dilakukan pemeriksaan bukti permulaan secara terbuka dan/atau penyidikan tindak pidana di bidang perpajakan; dan
5. PKP tidak dipidana karena melakukan tindak pidana di bidang perpajakan berdasarkan putusan pengadilan yang telah mempunyai kekuatan hukum tetap dalam jangka waktu 5 (lima) tahun terakhir.

Apabila PKP berisiko rendah tidak memenuhi ketentuan kewajiban formal tersebut, maka pengembalian pendahuluan kelebihan pembayaran pajak tidak diberikan. Namun, apabila PKP berisiko rendah memenuhi ketentuan kewajiban formal, Direktur Jenderal Pajak selanjutnya melakukan penelitian SPT Masa PPN terhadap:

1. pemenuhan kegiatan tertentu;
2. kebenaran penulisan dan penghitungan pajak;
3. Pajak Masukan yang dikreditkan oleh Pengusaha Kena Pajak berisiko rendah:

1. tercantum dalam Faktur Pajak yang telah dilaporkan dalam Surat Pemberitahuan Masa Pajak Pertambahan Nilai Pengusaha Kena Pajak yang membuat Faktur Pajak;
2. tercantum dalam dokumen tertentu yang kedudukannya dipersamakan dengan Faktur Pajak yang telah dilaporkan dalam Surat Pemberitahuan Masa Pajak Pertambahan Nilai Pengusaha Kena Pajak yang membuat dokumen tertentu yang kedudukannya dipersamakan dengan Faktur Pajak;
3. tercantum dalam dokumen tertentu yang kedudukannya dipersamakan dengan Faktur Pajak yang telah dilaporkan oleh pihak lain sebagaimana diatur dalam Pasal 32A Undang-Undang Ketentuan Umum dan Tata Cara Perpajakan dalam Surat Pemberitahuan Masa Pajak Pertambahan Nilai sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan;
4. tercantum dalam dokumen tertentu yang kedudukannya dipersamakan dengan Faktur Pajak berupa dokumen pemberitahuan impor barang:

1. dengan ketentuan telah dipertukarkan secara elektronik dengan Direktorat Jenderal Pajak; atau
2. yang telah diunggah oleh Wajib Pajak dengan ketentuan mencantumkan Nomor Transaksi Penerimaan Negara,

sesuai dengan ketentuan sebagaimana diatur dalam peraturan menteri keuangan mengenai pengeluaran barang impor untuk dipakai, dan/atau

5. tercantum dalam dokumen surat penetapan pembayaran bea masuk, cukai, dan/atau pajak dengan ketentuan:

1. mencantumkan Nomor Transaksi Penerimaan Negara;
2. terdapat dalam sistem informasi pelayanan Direktorat Jenderal Bea dan Cukai;
3. telah dipertukarkan secara elektronik dengan Direktorat Jenderal Pajak; dan
4. dibayarkan oleh Wajib Pajak melalui penyelenggara pos terkait dengan impor barang kiriman,

sesuai dengan ketentuan sebagaimana diatur dalam peraturan menteri keuangan mengenai ketentuan kepabeanan cukai dan pajak atas impor dan ekspor barang kiriman;

dan

4. Pajak Masukan yang dibayar sendiri oleh Pengusaha Kena Pajak berisiko rendah:

1. telah divalidasi dengan Nomor Transaksi Penerimaan Negara dalam hal pembayaran dilakukan dengan menggunakan surat setoran pajak; dan/atau
2. telah tervalidasi dalam sistem administrasi Direktorat Jenderal Pajak dalam hal pembayaran dengan menggunakan sarana administrasi lain yang disamakan dengan surat setoran pajak.

Berdasarkan hasil penelitian SPT, Direktur Jenderal Pajak memutuskan apakah PKP berisiko rendah mendapatkan pengembalian pendahuluan kelebihan pembayaran pajaknya atau tidak.

Ketentuannya adalah sebagai berikut:

1. Direktur Jenderal Pajak menerbitkan Surat Keputusan Pengembalian Pendahuluan Kelebihan Pajak, apabila:

1. hasil penelitian kewajiban formal menunjukkan PKP berisiko rendah memenuhi ketentuan kewajiban formal dimaksud; dan
2. hasil penelitian SPT menunjukkan terdapat kelebihan pembayaran pajak; atau

2. tidak menerbitkan Surat Keputusan Pengembalian Pendahuluan Kelebihan Pajak dan memberitahukan kepada PKP berisiko rendah, apabila:

1. hasil penelitian kewajiban formal menunjukkan bahwa PKP berisiko rendah tidak dapat diberikan pengembalian pendahuluan kelebihan pembayaran pajak; atau
2. hasil penelitian SPT menunjukkan tidak terdapat kelebihan pembayaran pajak.