Apabila putusan banding yang mengabulkan atau menerima permohonan banding wajib pajak menyebabkan adanya kelebihan pembayaran pajak atas pajak yang telah dibayarkan sebelumnya, maka kelebihan pembayaran pajak tersebut akan dikembalikan lagi kepada wajib pajak. Berikut adalah prosedur pengembalian kelebihan pembayaran pajak setelah putusan banding dikabulkan atau diterima:

1. Dalam rangka pengembalian kelebihan pembayaran pajak setelah diterbitkannya putusan banding, Kepala KPP menerbitkan Surat Keputusan Pengembalian Kelebihan Pembayaran Pajak (SKPKPP).
2. Untuk keperluan pengembalian kelebihan pembayaran pajak, KPP menerbitkan Surat Permintaan Rekening Dalam Negeri dan fotokopi lembar pertama buku rekening atas nama Wajib Pajak yang bersangkutan. Surat Permintaan Rekening Dalam Negeri diterbitkan paling lambat 1 (satu) hari kerja berikutnya setelah SKPKPP diterbitkan.
3. Berdasarkan SKPKPP yang telah dilengkapi dengan nomor rekening wajib pajak, Kepala KPP atas nama Menteri Keuangan menerbitkan Surat Perintah Membayar Kelebihan Pajak (SPMKP) yang merupakan surat perintah dari Kepala Kantor Pelayanan Pajak (KPP) kepada Kantor Pelayanan Perbendaharaan Negara (KPPN) untuk menerbitkan Surat Perintah Pencairan Dana (SP2D) sebagai dasar kompensasi utang pajak dan/atau pajak yang akan terutang, dan/atau dasar pembayaran kembali kelebihan pembayaran pajak kepada wajib pajak.
4. Penerbitan SPMKP dilakukan paling lambat 5 (lima) hari kerja sejak SKPKPP diterbitkan.

Batas waktu pengembalian kelebihan pembayaran pajak mulai dari SKPPKP, mendapatkan SPMKP, hingga mendapatkan transfer dana ditetapkan paling lama 1 (satu) bulan dihitung sejak diterimanya Putusan Banding oleh Kantor Direktorat Jenderal Pajak yang berwenang melaksanakan putusan pengadilan.