Untuk memberikan pelayanan yang optimal, Direktorat Jenderal Pajak menyediakan layanan pengaduan bagi Wajib Pajak. Terdapat 3 (empat) layanan pengaduan yang disediakan, yaitu pengaduan pelayanan perpajakan, pengaduan tindak pidana di bidang perpajakan, dan pengaduan kode etik dan dan kode perilaku dan disiplin pegawai. Pengaduan-pengaduan tersebut disampaikan melalui saluran resmi pengaduan yang dikelola oleh Direktorat Jenderal Pajak. Selain itu, Wajib Pajak juga dapat menggunakan formulir pengaduan untuk menyampaikan pengaduannya. Dalam menyampaikan pengaduan, Wajib Pajak tidak perlu khawatir karena Direktorat Jenderal Pajak wajib menjaga kerahasiaan data dan informasi yang disampaikan dalam pengaduan. Pengaduan yang disampaikan oleh Wajib Pajak akan dikelola oleh Unit Pengelola Penerimaan Pengaduan yang terdiri atas Kantor Layanan Informasi dan Pengaduan untuk Pengaduan Pelayanan Perpajakan dan Pengaduan Tindak Pidana di Bidang Perpajakan dan Direktorat Kepatuhan Internal dan Transformasi Sumber Daya Aparatur untuk Pengaduan KEKP dan Disiplin Pegawai.

Setiap jenis pengaduan memiliki saluran resmi yang berbeda. Untuk pengaduan pelayanan perpajakan, saluran resmi yang disediakan meliputi:

1. telepon: (021) 1500200;
2. surat elektronik:pengaduan@pajak.go.id;
3. laman pajak: pengaduan.pajak.go.id;
4. portal Wajib Pajak;
5. tatap muka melalui:

1. Kantor Layanan Informasi dan Pengaduan Direktorat Jenderal Pajak; dan
2. unit vertikal di lingkungan Direktorat Jenderal Pajak; dan

6. surat tertulis kepada:

1. Direktur Jenderal Pajak; dan
2. pimpinan unit vertikal di lingkungan Direktorat Jenderal Pajak.

Penyampaian pengaduan pelayanan perpajakan minimal memuat kelengkapan informasi nama Pelapor, nomor telepon atau alamat surat elektronik Pelapor, pihak Terlapor, tanggal kejadian, uraian pengaduan dan bukti pendukung jika diperlukan.