Sejauh ini, kita telah membahas mengenai tahapan pengembalian pendahuluan kelebihan pembayaran pajak yaitu pengajuan dengan mengisi kolom pengembalian pendahuluan di SPT, penelitian kewajiban formal, lalu penelitian SPT. Berdasarkan hasil penelitian SPT, Direktur Jenderal Pajak memutuskan apakah Wajib Pajak mendapatkan pengembalian pendahuluan kelebihan pembayaran pajaknya atau tidak.

Ketentuannya adalah sebagai berikut:

1. Direktur Jenderal Pajak menerbitkan Surat Keputusan Pengembalian Pendahuluan Kelebihan Pajak, apabila:

1. hasil penelitian kewajiban formal menunjukkan Wajib Pajak memenuhi ketentuan kewajiban formal dimaksud; dan
2. hasil penelitian SPT menunjukkan terdapat kelebihan pembayaran pajak; atau

2. tidak menerbitkan Surat Keputusan Pengembalian Pendahuluan Kelebihan Pajak dan memberitahukan kepada Wajib Pajak, apabila:

1. hasil penelitian kewajiban formal menunjukkan bahwa Wajib Pajak tidak dapat diberikan pengembalian pendahuluan kelebihan pembayaran pajak; atau
2. hasil penelitian SPT menunjukkan tidak terdapat kelebihan pembayaran pajak.

Surat Keputusan Pengembalian Pendahuluan Kelebihan Pajak atau pemberitahuan diterbitkan paling lama 3 (tiga) bulan, untuk Pajak Penghasilan atau 1 (satu) bulan, untuk Pajak Pertambahan Nilai, sejak permohonan diterima. Apabila jangka waktu terlampaui dan Direktur Jenderal Pajak tidak menerbitkan Surat Keputusan Pengembalian Pendahuluan Kelebihan Pajak atau pemberitahuan, permohonan Wajib Pajak dianggap dikabulkan dan Direktur Jenderal Pajak menerbitkan Surat Keputusan Pengembalian Pendahuluan Kelebihan Pajak setelah jangka waktu tersebut berakhir.