Untuk mendapatkan pengembalian pendahuluan kelebihan pembayaran pajak, ada tahapan yang harus dilewati oleh Wajib Pajak dengan kriteria tertentu. Setelah mengisi kolom pengembalian pendahuluan kelebihan pembayaran pajak dalam SPT, terhadap Wajib Pajak dengan kriteria tertentu tersebut akan dilakukan penelitian kewajiban formal. Apabila kewajiban formal ini terpenuhi, maka Direktur Jenderal Pajak menindaklanjuti dengan melakukan penelitian SPT. Penelitian SPT ini dilakukan terhadap:        

1. kebenaran penulisan dan penghitungan pajak;
2. bukti pemotongan atau bukti pemungutan Pajak Penghasilan dan/atau bukti pembayaran Pajak Penghasilan yang dikreditkan Wajib Pajak pemohon;
3. Pajak Masukan yang dikreditkan dan/atau dibayar sendiri oleh Wajib Pajak pemohon; dan
4. pemenuhan kegiatan yang meliputi:

1. ekspor barang kena pajak berwujud;
2. penyerahan barang kena pajak dan/atau penyerahan jasa kena pajak kepada pemungut Pajak Pertambahan Nilai;
3. penyerahan barang kena pajak dan/atau penyerahan jasa kena pajak yang Pajak Pertambahan Nilainya tidak dipungut;
4. ekspor barang kena pajak tidak berwujud; dan/atau
5. ekspor jasa kena pajak,

dalam hal permohonan pengembalian pendahuluan kelebihan pembayaran pajak diajukan pada Masa Pajak selain akhir tahun buku.

Penelitian terhadap kebenaran penulisan dan penghitungan dilakukan dengan memastikan kebenaran penjumlahan, pengurangan, perkalian, dan/atau pembagian suatu bilangan dalam penghitungan pajak. Sementara itu, penelitian terhadap bukti pemotongan atau bukti pemungutan Pajak Penghasilan dan/atau bukti pembayaran Pajak Penghasilan dilakukan untuk memastikan:

1. bukti pemotongan atau bukti pemungutan Pajak Penghasilan telah diterbitkan melalui sistem administrasi Direktorat Jenderal Pajak;
2. dokumen yang dipersamakan dengan bukti pemotongan atau bukti pemungutan Pajak Penghasilan yang diterbitkan tidak melalui sistem administrasi Direktorat Jenderal Pajak telah tervalidasi dalam sistem administrasi Direktorat Jenderal Pajak; dan/atau
3. pajak yang tercantum dalam bukti pembayaran Pajak Penghasilan dalam tahun berjalan yang dibayar sendiri:

1. telah divalidasi dengan Nomor Transaksi Penerimaan Negara dalam hal pembayaran dilakukan dengan menggunakan surat setoran pajak; dan/atau
2. telah tervalidasi dalam sistem administrasi Direktorat Jenderal Pajak dalam hal pembayaran menggunakan sarana administrasi lain yang disamakan dengan surat setoran pajak.