Selain dilakukan atas permohonan wajib pajak, pemindahbukuan juga dapat dilakukan secara jabatan. Hal ini disebutkan dalam Pasal 108 PMK 108 Tahun 2024 tentang Ketentuan Perpajakan Dalam Rangka Pelaksanaan Sistem Inti Administrasi Perpajakan.

Berbeda dengan pemindahbukuan yang dilakukan atas permohonan wajib pajak, pemindahbukuan secara jabatan hanya dapat dilakukan atas beberapa hal, yaitu:

1. Bukti Pemindahbukuan yang terdapat kesalahan dalam penerbitan;
2. pembayaran dan/atau penyetoran pajak yang berdasarkan data dan informasi perlu dilakukan Pemindahbukuan;
3. Deposit Pajak untuk melunasi Utang Pajak yang masih tersisa pada saat dilakukan Penghapusan Nomor Pokok Wajib Pajak;
4. Deposit Pajak wajib pajak yang dilakukan Penghapusan Nomor Pokok Wajib Pajak karena penggabungan usaha ke wajib pajak hasil penggabungan usaha;
5. pembayaran dan/atau penyetoran pajak yang terdapat perbaikan data penerimaan dari Direktorat Jenderal Perbendaharaan; dan
6. pembayaran dan/atau penyetoran pajak sebagai tindak lanjut atas pelaksanaan penyitaan oleh juru sita.

Sama halnya dengan pemindahbukuan yang dilakukan atas permohonan wajib pajak, Direktur Jenderal Pajak juga akan menerbitkan Bukti Pemindahbukuan apabila pemindahbukuan yang dilakukan secara jabatan memenuhi ketentuan. Bukti Pemindahbukuan inilah yang selanjutnya akan menjadi dasar penyesuaian atas pembayaran dan penyetoran pajak yang dilakukan oleh wajib pajak.