Selain pemeriksaan pajak pusat, pemeriksaan juga dapat dilakukan terhadap pajak daerah. Berbeda dengan pemeriksaan pajak pusat yang dilakukan oleh otoritas pajak, yang berwenang melakukan pemeriksaan pajak daerah adalah kepala daerah, yang dapat dilimpahkan kepada pejabat yang yang ditunjuk. Pejabat yang ditunjuk tersebut merupakan kepala organisasi perangkat daerah yang memiliki tugas dan fungsi pemungutan pajak.

Serupa dengan tujuan pemeriksaan pajak pusat, pemeriksaan pajak daerah bertujuan untuk menguji kepatuhan pemenuhan kewajiban pajak dan tujuan lain dalam rangka melaksanakan ketentuan peraturan perundang-undangan mengenai pajak dan retribusi daerah.

Pemeriksaan pajak daerah untuk menguji kepatuhan pemenuhan kewajiban pajak dilakukan dalam hal:

1. wajib pajak mengajukan permohonan pengembalian atau kompensasi kelebihan pembayaran pajak;
2. terdapat keterangan lain berupa data konkret yang menunjukkan bahwa pajak yang terutang tidak atau kurang dibayar; atau
3. wajib pajak yang terpilih untuk dilakukan pemeriksaan berdasarkan analisis risiko.

Analisis risiko yang dimaksud dilakukan dengan mempertimbangkan perilaku dan kepatuhan wajib pajak yang meliputi kepatuhan penyampaian SPT pajak daerah, kepatuhan dalam melunasi pajak terutang, dan kepatuhan dalam membayar utang pajak Masa Pajak/Tahun Pajak sebelumnya.

Sementara itu, pemeriksaan dengan tujuan lain dilakukan dengan kriteria:

1. pemberian NPWP daerah secara jabatan;
2. penghapusan NPWP daerah;
3. penyelesaian permohonan keberatan wajib pajak;
4. pencocokan data dan/atau alat keterangan; dan/atau
5. pemeriksaan dalam rangka penagihan pajak.