Ketika menghadapi pemeriksaan, sangat penting bagi Wajib Pajak untuk mengetahui hak dan kewajibannya sehingga tidak dirugikan atau lalai dan akhirnya berdampak pada hasil yang tidak sesuai harapan. PMK Nomor 15 Tahun 2025 memberikan ketentuan yang lebih rinci mengenai hak perlindungan Wajib Pajak serta kewajiban yang harus dipenuhi dalam proses pemeriksaan.

Hak Wajib Pajak dalam Pemeriksaan
•    Mendapatkan Surat Pemberitahuan Pemeriksaan. Pemeriksaan hanya dapat dilakukan setelah Wajib Pajak menerima surat pemberitahuan resmi. 
•    Meminta kepada Pemeriksa Pajak untuk memperlihatkan Tanda Pengenal Pemeriksa Pajak dan Surat Perintah Pemeriksaan.
•    Mendapatkan penjelasan tentang alasan dan tujuan pemeriksaan. Wajib Pajak berhak memperoleh klarifikasi mengenai alasan, ruang lingkup dan tujuan pemeriksaan.
•    Melakukan pengungkapan ketidakbenaran pengisian Surat Pemberitahuan.
•    Menerima pemberitahuan tertulis mengenai pos dalam Surat Pemberitahuan, data, dan/atau kewajiban perpajakan tertentu yang diperiksa.
•    Menghadiri Pembahasan Temuan Sementara.
•    Menghadirkan saksi, ahli dan pihak ketiga dalam Pembahasan Temuan Sementara.
•    Menerima daftar temuan hasil pemeriksaan.
•    Menerima Surat Pemberitahuan Hasil Pemeriksaan (SPHP).
•    Menghadiri Pembahasan Akhir Hasil Pemeriksaan.
•    Mengajukan permohonan untuk dilakukan pembahasan dengan Tim Quality Assurance pemeriksaan.
•    Menerima surat pemberitahuan penangguhan pemeriksaan dalam hal pemeriksaan ditindaklanjuti dengan pemeriksaan bukti permulaan.

Kewajiban Wajib Pajak dalam Pemeriksaan
•    Memperlihatkan dan/atau meminjamkan kepada Pemeriksa Pajak buku, catatan, dan/atau dokumen yang menjadi dasar pembukuan atau pencatatan, dan dokumen lain yang berhubungan dengan penghasilan yang diperoleh, kegiatan usaha, pekerjaan bebas Wajib Pajak, atau Objek Pajak Pajak Bumi dan Bangunan yang terutang pajak, atau yang berhubungan dengan tujuan pemeriksaan.
•    Memberikan kesempatan kepada Pemeriksa Pajak untuk mengakses dan/atau mengunduh Data Elektronik.
•    Memberikan kesempatan kepada Pemeriksa Pajak untuk memasuki dan memeriksa tempat atau ruang, barang bergerak, dan/atau barang tidak bergerak yang dipandang perlu guna kelancaran pemeriksaan.
•    Memberi bantuan guna kelancaran pemeriksaan, baik tenaga maupun tempat. 
•    Memberikan data, informasi, keterangan dan/atau penjelasan lisan dan/atau tertulis yang diminta oleh Pemeriksa Pajak, termasuk memenuhi panggilan dari Pemeriksa Pajak untuk hadir di kantor.

Dengan memahami kewajiban dalam pemeriksaan, Wajib Pajak dapat menyiapkan diri lebih baik, melakukan persiapan dokumen-dokumen terkait perpajakan lebih baik sehingga keseluruhan permintaan dokumen oleh Pemeriksa Pajak dapat dipenuhi. Pemahaman hak-hak Wajib Pajak yang baik dapat menghindarkan Wajib Pajak dari potensi pelaksanaan pemeriksaan yang bertentangan dengan aturan atau sewenang-wenang.