Peraturan Menteri Keuangan Nomor 79 Tahun 2024 (PMK 79/2024) yang diterbitkan tanggal 18 Oktober 2024 mengatur tentang Ketentuan Perpajakan atas Kerja Sama Operasi (KSO) yang meliputi Pajak Pertambahan Nilai (PPN) atau Pajak Pertambahan Nilai dan Pajak Penjualan atas Barang Mewah (PPnBM) serta Pajak Penghasilan (PPh).

Dalam PMK 79/2024 diatur bahwa atas penyerahan BKP dan/atau JKP oleh KSO kepada pelanggan juga dianggap seolah terdapat penyerahan dari anggota KSO ke KSO. Anggota KSO yang merupakan PKP wajib membuat Faktur Pajak paling lambat pada saat KSO membuat Faktur Pajak atas penyerahan kepada pelanggan. PPN yang dipungut oleh anggota KSO kepada KSO merupakan Pajak Masukan yang dapat dikreditkan oleh KSO.

Pasal 6 Ayat (3) PMK 79/2024 mengatur bahwa dasar pengenaan PPN atas penyerahan BKP dan/atau JKP oleh anggota kepada KSO menggunakan Nilai Kontribusi yang disepakati oleh tiap Anggota yang tercantum dalam perjanjian kerja. Kemudian dalam Pasal 6 Ayat (4) dinyatakan bahwa besarnya Nilai Kontribusi yang disepakati oleh tiap Anggota dirinci berdasarkan jenis BKP dan/atau JKP yang diserahkan oleh Anggota.

Definisi Nilai Kontribusi tidak tercantum secara eksplisit dalam PMK 79/2024. Namun, dari contoh dalam lampiran PMK tersebut, dapat disimpulkan bahwa kontribusi adalah penyerahan aktiva, barang dagangan, dan jasa oleh anggota kepada KSO yang nilainya ditetapkan berdasarkan kesepakatan yang tertuang dalam perjanjian kerja sama KSO. Nilai kontribusi tersebut kemudian menjadi basis dalam penentuan dasar pengenaan PPN oleh anggota KSO ke KSO, sekaligus menjadi penghasilan yang wajib diakui oleh masing-masing anggota KSO. Nilai kontribusi tersebut bukan nilai buku atau nilai perolehan, melainkan nilai penyerahan  dari anggota KSO ke KSO yang telah memperhitungkan biaya-biaya terkait serta laba yang diharapkan (expected profit) oleh masing-masing anggota KSO. Dengan demikian, tampak masuk akal jika kemudian Nilai Kontribusi tersebut menjadi dasar pengenaan PPN dari anggota KSO ke KSO dan diakui sebagai penghasilan bagi masing-masing anggota KSO.

Dalam praktiknya, istilah Nilai Kontribusi tidak lazim digunakan dalam perjanjian KSO (joint operation agreement). Umumnya, yang dicantumkan dalam perjanjian KSO adalah partisipasi dan kewajiban (participation interest and liabilities) yang dinyatakan dalam persentase (%), misalnya PT A 65% dan PT B 35%, untuk kemudian menjadi basis dalam pembagian revenue (revenue sharing) atau pembagian laba (profit sharing). Lingkup pekerjaan masing-masing anggota KSO diatur dengan jelas dalam perjanjian KSO dengan mengacu pada lingkup pekerjaan yang tercantum dalam kontrak KSO dengan pelanggan (pemilik proyek). Pengakuan penghasilan oleh anggota KSO dikaitkan langsung dengan proporsinya dari nilai kontrak antara KSO dan pelanggan. Sementara itu, penghasilan yang diakui oleh anggota KSO berdasarkan PMK 79/2024 adalah Nilai Kontribusi yang tidak terkait langsung dengan nilai kontrak dengan pelanggan. Selain itu, dalam praktiknya, jarang dikenal adanya perjanjian KSO yang merinci Nilai Kontribusi berdasarkan BKP dan/atau JKP sebagaimana diatur dalam PMK 79/2024 karena bersifat rahasia dan tidak selalu harus transparan. Yang lebih penting adalah anggota KSO mengerjakan semua detail yang tercakup dalam lingkup pekerjaan (scope of work) masing-masing sesuai kesepakatan. 

Timbul pertanyaan, apa konsekuensinya jika suatu perjanjian KSO tidak menggunakan Nilai Kontribusi, melainkan berdasarkan persentase dari nilai kontrak dengan pelanggan sebagai basis pembagian sekaligus pengakuan penghasilan? Apakah harus dibuat lagi suatu perjanjian KSO terpisah hanya untuk memenuhi PMK 79/2024? Atau apakah perjanjian KSO harus memuat Nilai Kontribusi dalam setiap perjanjian KSO?  PMK ini seyogianya memberi kepastian dengan mempertimbangkan keberadaan Pasal 1338 (1) KUH Perdata yang menganut Asas Kebebasan Berkontrak di mana semua perjanjian yang dibuat secara sah berlaku sebagai undang-undang bagi mereka yang membuatnya (pacta sunt servanda).