Dalam SE-65/PJ/2013 tentang Pedoman Penggunaan Metode dan Teknik Pemeriksaan dijelaskan secara rinci mengenai metode dan teknik pemeriksaan dalam rangka pemeriksaan untuk menguji kepatuhan pemenuhan kewajiban perpajakan dan/atau untuk tujuan lain. Peraturan ini ditujukan untuk memberikan pedoman kepada pemeriksa pajak dalam pelaksanaan pemeriksaan.

Metode Pemeriksaan adalah teknik pemeriksaan dan prosedur pemeriksaan yang dilakukan terhadap buku, catatan, dan dokumen serta data, informasi, dan keterangan lain. Metode pemeriksaan terbagi menjadi 2 (dua), yaitu metode langsung dan metode tidak langsung. Metode Langsung merupakan teknik pemeriksaan dan prosedur pemeriksaan untuk menguji kebenaran pos-pos diperiksa yang dilakukan secara langsung terhadap buku, catatan, dan dokumen terkait dengan pos-pos yang diperiksa. Sementara itu, Metode Tidak Langsung adalah teknik pemeriksaan dan prosedur pemeriksaan untuk menguji kebenaran pos-pos diperiksa yang dilakukan secara tidak langsung melalui suatu pendekatan penghitungan tertentu.

Metode Tidak Langsung hanya digunakan apabila metode langsung tidak dapat dilakukan. Penggunaan Metode Tidak Langsung sebagai satu-satunya metode dalam pemeriksaan pajak harus disertakan bukti bahwa Metode Langsung tidak dapat digunakan. Metode Tidak Langsung juga dapat digunakan sebagai pendukung penggunaan Metode Langsung. Dalam Metode Tidak Langsung, terdapat beberapa pendekatan yang bisa digunakan, yaitu transaksi tunai dan bank, sumber dan penggunaan dana, penghitungan rasio, satuan dan/atau volume, penghitungan biaya hidup, dan pertambahan kekayaan bersih (net worth). Pemeriksa pajak dapat menggunakan satu atau lebih dari beberapa pendekatan ini.