Dalam sistem perpajakan, sengketa antara Wajib Pajak dan Otoritas Pajak merupakan hal yang tidak dapat dihindari. Untuk itu, negara menghadirkan Pengadilan Pajak sebagai lembaga penyelesaian sengketa pajak yang bersifat independen, adil dan profesional. Berdasarkan Pasal 2 Undang-Undang Nomor 14 Tahun 2002 tentang Pengadilan Pajak, disebutkan bahwa “Pengadilan Pajak adalah badan peradilan yang melaksanakan kekuasan kehakiman bagi Wajib Pajak atau penanggung Pajak yang mencari keadilan terhadap Sengketa Pajak”. Pengadilan Pajak adalah lembaga yang berada di naungan Mahkamah Agung namun bersifat independen dan bukan bagian dari Direktorat Jenderal Pajak (DJP). 

Kepada Pengadilan Pajak, Wajib Pajak bisa mengajukan Banding atas Keputusan Keberatan yang diterbitkan atau Gugatan atas pelaksanaan penagihan pajak atau Keputusan lain di luar Keberatan. Sengketa perpajakan yang ditangani oleh Pengadilan Pajak antara lain adalah sebagai berikut:
-    Sengketa atas Keputusan Keberatan yang dikeluarkan oleh DJP, Bea Cukai atau Instansi Pajak Daerah;
-    Keputusan Pembetulan, Penghapusan Sanksi, Pengurangan dan Pengembalian Kelebihan Pembayaran Pajak;
-    Sengketa terkait Pajak Pusat dan Pajak Daerah termasuk PPN, PPh, Bea Masuk dan lainnya. 

Adapun prosedur penyelesaian sengketa di Pengadilan Pajak adalah sebagai berikut:
1.    Pengajuan Banding/Gugatan ke Pengadilan Pajak
-    Permohonan Banding/Gugatan diajukan oleh Wajib Pajak secara tertulis ke Pengadilan Pajak dalam jangka waktu 3 (tiga) bulan sejak sejak keputusan diterima. 
-    Selanjutnya Pengadilan Pajak meminta Surat Uraian Banding kepada Terbanding atau Tergugat dalam jangka waktu 14 (empat belas hari) sejak surat banding diterima. 
-    Terbanding atau Tergugat harus menyerahkan Surat Uraian Banding 3 (tiga) bulan sejak tanggal dikirim permintaan Surat Uraian Banding. 
-    Salinan Surat Uraian Banding harus dikirimkan ke Pemohon Banding atau Penggugat oleh Pengadilan Pajak dalam jangka waktu 14 (empat belas) hari sejak diterima.
-    Pemohon Banding atau Penggugat menyampaikan Surat Bantahan kepada Pengadilan Pajak dalam jangka waktu 30 (tiga puluh) hari sejak salinan Surat Uraian Banding diterima.

Dalam hal Pemohon Banding atau Penggugat, Terbanding atau Tergugat tidak memenuhi ketentuan terkait Surat Uraian Banding dan Surat Bantahan, Pengadilan Pajak tetap melanjutkan proses pemeriksaan Banding atau Gugatan.

2.    Proses Persidangan
Persidangan dilakukan secara tertutup oleh Majelis yang terdiri dari 3 (tiga) orang Hakim atau Hakim Tunggal. Dalam proses persidangan, Pemohon Banding atau Penggugat, Terbanding atau Tergugat dapat memberikan bukti-bukti berupa surat atau tulisan, keterangan ahli, keterangan saksi serta pengakuan para pihak.  

3.    Putusan Pengadilan Pajak
Putusan Pengadilan Pajak merupakan putusan akhir dan mempunyai kekuatan hukum yang tetap. Putusan dapat berupa menolak, mengabulkan sebagian atau seluruhnya, menambah pajak yang harus dibayar, tidak dapat diterima, membetulkan kesalahan atau membatalkan. Putusan Pengadilan Pajak harus diucapkan dalam sidang terbuka untuk umum. Terhadap putusan ini tidak dapat diajukan kasasi.

Pengadilan Pajak merupakan jaminan atas hak-hak Wajib Pajak untuk memperoleh keadilan jika terjadi perselisihan dalam pelaksanaan kewajiban perpajakan, sehingga diharapkan Wajib Pajak dapat memanfaatkan sarana tersebut dengan baik.