Banyak yang mengira bahwa peserta magang dalam program magang nasional tidak dikenai pajak sama sekali. Anggapan tersebut sebenarnya tidak tepat. Penghasilan peserta tetap dihitung sebagai objek Pajak Penghasilan Pasal 21 sesuai ketentuan Undang-Undang Pajak Penghasilan. Perbedaannya terletak pada siapa yang menanggung pajak tersebut.

Pajak tetap dihitung menggunakan tarif umum Pasal 17 Undang-Undang Pajak Penghasilan. Dalam contoh yang dicantumkan pada lampiran peraturan, penghasilan bruto sebesar Rp5.413.561 menghasilkan PPh 21 sebesar lima persen atau sekitar Rp270.678. Namun jumlah pajak tersebut tidak dipotong dari uang saku peserta karena pemerintah yang membayarnya.

Dengan mekanisme tersebut peserta menerima uang secara utuh. Secara ekonomi, ini berarti penghasilan bersih sama dengan penghasilan bruto. Kebijakan ini sebenarnya merupakan bentuk subsidi penghasilan melalui mekanisme pajak.

Pertanyaan yang sering muncul adalah mengapa pemerintah tidak sekalian menetapkan penghasilan tersebut sebagai bukan objek pajak. Alasannya berkaitan dengan administrasi perpajakan. Jika bukan objek pajak, maka riwayat perpajakan peserta tidak tercatat. Dengan skema pajak ditanggung pemerintah, penghasilan tetap tercatat sebagai penghasilan kena pajak sehingga peserta tetap memiliki rekam jejak administrasi perpajakan.

Selain itu, peraturan menegaskan bahwa pajak yang dibayarkan pemerintah tersebut tidak dianggap sebagai penghasilan tambahan bagi peserta. Dengan demikian tidak terjadi pajak berganda.

Kebijakan ini pada dasarnya memberikan manfaat ganda. Peserta memperoleh penghasilan penuh, sementara administrasi perpajakan tetap berjalan. Hal ini membantu peserta ketika kelak memasuki pekerjaan formal karena mereka sudah memiliki identitas dan histori perpajakan.