Pemberian fasilitas PPN Ditanggung Pemerintah tidak berarti maskapai penerbangan terbebas dari kewajiban perpajakan. Sebaliknya, PMK Nomor 43 Tahun 2026 justru memberikan tanggung jawab administratif yang cukup rinci kepada Badan Usaha Angkutan Udara sebagai Pengusaha Kena Pajak. Maskapai tetap wajib membuat Faktur Pajak atau Dokumen Tertentu yang Kedudukannya Dipersamakan dengan Faktur Pajak atas setiap transaksi. Dokumen tersebut menjadi dasar pelaporan dalam Surat Pemberitahuan Masa PPN.

Apabila transaksi memenuhi syarat memperoleh fasilitas PPN DTP, maka transaksi tersebut dilaporkan sebagai penyerahan yang memperoleh fasilitas pajak. Sebaliknya, apabila tidak memenuhi persyaratan, transaksi dilaporkan sebagai penyerahan yang PPN-nya dipungut sendiri sesuai ketentuan umum. Selain pelaporan dalam SPT Masa PPN, maskapai juga diwajibkan menyusun daftar rincian transaksi PPN DTP. Data yang harus dicantumkan meliputi identitas perusahaan, NPWP, bulan penerbitan tiket, nomor booking, bandara asal, bandara tujuan, tanggal pembelian, tanggal penerbangan, dasar pengenaan pajak, serta besarnya PPN yang ditanggung pemerintah.

Penyampaian daftar rincian tersebut dilakukan secara elektronik melalui sistem Direktorat Jenderal Pajak paling lambat tanggal 30 September 2026. Ketentuan batas waktu ini menjadi sangat penting karena keterlambatan penyampaian dapat menyebabkan fasilitas PPN DTP tidak dapat diberikan. Kewajiban administrasi yang rinci tersebut merupakan bentuk akuntabilitas penggunaan anggaran negara.

Pemerintah harus memastikan bahwa setiap rupiah subsidi pajak benar-benar diberikan kepada transaksi yang memenuhi ketentuan. Bagi maskapai, kepatuhan administrasi bukan hanya berkaitan dengan pemenuhan kewajiban perpajakan, tetapi juga menjadi syarat agar pemerintah dapat mengganti PPN yang telah ditanggung tersebut. Oleh karena itu, pengelolaan data transaksi dan pelaporan menjadi aspek yang tidak kalah penting dibandingkan aspek operasional penerbangan itu sendiri. Implementasi PMK ini menunjukkan bahwa keberhasilan suatu insentif perpajakan tidak hanya ditentukan oleh besarnya fasilitas yang diberikan, tetapi juga oleh kualitas administrasi perpajakan yang mendukung pelaksanaannya.