Berdasarkan Pasal 13 Ayat (1) Undang-Undang KUP, penerbitan SKPKB oleh Direktur Jenderal Pajak dilakukan setelah berakhirnya Masa Pajak, Bagian Tahun Pajak atau Tahun Pajak setelah dilakukan tindakan pemeriksaan. Penghitungan besarnya bunga dalam SKPKB tergantung dengan alasan yang mendasari dikeluarkannya SKPKB tersebut, antara lain:

1. Terdapat pajak yang tidak atau kurang dibayar, jumlah kekurangan pajak yang terutang dalam SKPKB ditambah dengan sanksi bunga sebesar tarif bunga per bulan yang ditetapkan oleh Menteri Keuangan dihitung sejak saat terutangnya pajak atau berakhirnya Masa Pajak, Bagian Tahun Pajak atau Tahun Pajak sampai dengan diterbitkannya SKPKB dan dikenakan paling lama 24 (dua puluh empat) bulan serta bagian dari bulan dihitung penuh;
2. Surat Pemberitahuan tidak disampaikan dalan jangka waktu yang ditentukan dan setelah ditegur secara tertulis tidak disampaikan pada waktunya sebagaimana ditentukan dalam surat teguran, jumlah pajak dalam SKPKB ditambah sanksi administrasi berupa:

1. bunga dari PPh yang tidak atau kurang dibayar dalam 1 (satu) Tahun Pajak;
2. bunga dari PPh yang tidak atau kurang dipotong atau dipungut;
3. kenaikan sebesar 75% (tujuh puluh lima persen) dari PPN dan PPnBM yang tidak atau kurang dibayar;
4. kenaikan sebesar 75% (tujuh puluh lima persen) dari PPh yang dipotong atau dipungut tetapi tidak atau kurang disetor.

3. Terdapat PPN dan PPnBM yang ternyata tidak seharusnya dikompensasikan, selisih lebih pajak atau tidak seharusnya dikenai tarif 0%,  jumlah pajak dalam SKPKB ditambah dengan sanksi administrasi berupa kenaikan sebesar 75% (tujuh puluh lima persen) dari PPN dan PPnBM yang tidak atau kurang dibayar;
4. Terdapat kewajiban melakukan pembukuan dan pemeriksaan yang tidak dipenuhi sehingga tidak dapat diketahui besarnya pajak yang terutang, jumlah pajak dalam SKPKB ditambah dengan sanksi administrasi berupa:

1. bunga dari PPh yang tidak atau kurang dibayar dalam 1 (satu) Tahun Pajak;
2. bunga dari PPh yang tidak atau kurang dipotong atau dipungut;
3. kenaikan sebesar 75% (tujuh puluh lima persen) dari PPN dan PPnBM yang tidak atau kurang dibayar;

5. Kepada WP diterbitkan NPWP dan/atau dikukuhkan sebagai PKP secara jabatan, jumlah kekurangan pajak yang terutang dalam SKPKB ditambah dengan sanksi bunga sebesar tarif bunga per bulan yang ditetapkan oleh Menteri Keuangan dihitung sejak saat terutangnya pajak atau berakhirnya Masa Pajak, bagian Tahun Pajak atau Tahun Pajak sampai dengan diterbitkannya SKPKB dan dikenakan paling lama 24 (dua puluh empat) bulan serta bagian dari bulan dihitung penuh 1 (satu) bulan.
6. PKP tidak melakukan penyerahan BKP dan/atau JKP dan/atau ekspor BKP dan/atau JKP dan telah diberikan pengembalian pajak masukan atau telah mengkreditkan pajak masukan, jumlah kekurangan pajak yang terutang dalam SKPKB ditambah dengan sanksi administrasi berupa bunga sebesar tarif bunga per bulan yang ditetapkan oleh Menteri Keuangan dihitung sejak jatuh tempo pembayaran kembali berakhir sampai dengan tanggal diterbitkannya SKPKB dan dikenakan paling lama 24 (dua puluh empat) bulan serta bagian dari bulan dihitung penuh 1 bulan.