Pengembalian pendahuluan kelebihan pembayaran pajak diberikan melalui permohonan yang diajukan dengan cara mengisi kolom pengembalian pendahuluan kelebihan pembayaran pajak dalam SPT. Selanjutnya, atas permohonan tersebut Direktur Jenderal Pajak akan melakukan penelitian SPT. Hasil dari penelitian ini adalah berupa Surat Keputusan Pengembalian Pendahuluan Kelebihan Pajak apabila permohonan yang diajukan memenuhi ketentuan atau surat pemberitahuan yang menyatakan bahwa permohonan yang diajukan tidak memenuhi ketentuan.

Jumlah kelebihan pembayaran pajak pada Surat Keputusan Pengembalian Pendahuluan Kelebihan Pajak bisa tidak sama dengan jumlah dalam permohonan yang diajukan. Apabila terjadi hal demikian, Wajib Pajak dapat mengajukan kembali permohonan pengembalian pendahuluan kelebihan pembayaran pajak atas selisih kelebihan pembayaran pajak yang belum dikembalikan. Namun, terdapat ketentuan yang harus diperhatikan, yaitu:

1. Direktur Jenderal Pajak belum mulai melakukan:

1. pemeriksaan atas Masa Pajak, Bagian Tahun Pajak, atau Tahun Pajak yang telah diajukan permohonan pengembalian pendahuluan kelebihan pembayaran pajak; atau
2. pemeriksaan bukti permulaan secara terbuka terhadap Wajib Pajak yang memenuhi persyaratan tertentu yang telah mengajukan permohonan pengembalian pendahuluan kelebihan pembayaran pajak;

dan

2. permohonan disampaikan paling lama 2 (dua) tahun sebelum daluwarsa penetapan.

 

Permohonan diajukan melalui surat tersendiri disampaikan secara elektronik melalui portal Wajib Pajak, secara langsung, atau melalui pos, Perusahaan jasa ekspedisi, atau jasa kurir. Pengembalian pendahuluan kelebihan pembayaran pajak yang diajukan Wajib Pajak yang telah diajukan sebelumnya berlaku secara mutatis mutandis terhadap tindak lanjut atas permohonan melalui surat tersendiri ini.