Apabila Pengusaha Kena Pajak (PKP) melakukan kesalahan dalam pengisian atau penulisan dalam pembuatan Faktur Pajak sehingga Faktur Pajak tersebut tidak memuat keterangan yang benar, lengkap, dan jelas, PKP dapat melakukan pembetulan atau penggantian atas Faktur Pajak yang telah dibuat tersebut. Pembetulan atau penggantian dapat dilakukan atas kesalahan informasi mengenai nama, alamat, dan Nomor Pokok Wajib Pajak (NPWP) Penjual Barang Kena Pajak (BKP) dan/atau Jasa Kena Pajak (JKP), jenis barang atau jasa, jumlah harga jual atau penggantian, dan potongan harga, Pajak Pertambahan Nilai (PPN) yang dipungut, Pajak Penjualan atas Barang Mewah (PPnBM) yang dipungut, kode, nomor seri, dan tanggal pembuatan Faktur Pajak, dan nama dan tanda tangan yang berhak menandatangani Faktur Pajak. Namun, pembetulan atau penggantian tidak dapat dilakukan apabila kesalahan berupa pengisian atau penulisan identitas Pembeli BKP dan/atau JKP.

Ketentuan lain mengenai Faktur Pajak Pengganti yang tertuang dalam PER 11/PJ/2025 antara lain sebagai berikut:

1. Pengusaha Kena Pajak Toko Retail tidak diperkenankan membuat Faktur Pajak pengganti atas penyerahan BKP kepada Turis Asing yang memberitahukan dan menunjukkan paspor luar negeri kepada Pengusaha Kena Pajak Toko dalam hal atas Faktur Pajak dimaksud telah diajukan permintaan pengembalian PPN oleh Turis Asing dimaksud.
2. Faktur Pajak pengganti dibuat dengan menggunakan modul e-Faktur.
3. Tanggal pembuatan Faktur Pajak untuk Faktur Pajak pengganti merupakan tanggal pada saat Faktur Pajak pengganti dimaksud dibuat.

Faktur Pajak pengganti dilaporkan dalam Surat Pemberitahuan Masa PPN pada Masa Pajak yang sama dengan Masa Pajak dilaporkannya Faktur Pajak yang diganti dengan mencantumkan keterangan yang sebenarnya atau sesungguhnya setelah penggantian.