Dalam Pasal 28 Peraturan Pemerintah disebutkan bahwa Barang Kena Pajak (BKP) yang atas impornya dibebaskan dari pungutan Bea Masuk tetap dipungut Pajak Pertambahan Nilai (PPN) atau PPN dan Pajak Penjualan atas Barang Mewah (PPnBM) berdasarkan ketentuan peraturan perundang-undangan di bidang perpajakan. Namun, terdapat juga impor beberapa BKP yang dibebaskan dari pungutan Bea Masuk dan tidak dipungut PPN atau PPN dan PPnBM. Impor beberapa BKP tersebut meliputi:

1. barang kiriman hadiah untuk keperluan ibadah umum, amal, sosial, atau kebudayaan oleh badan atau lembaga di bidang ibadah untuk umum, amal, sosial, atau kebudayaan yang:

1. berkedudukan di wilayah Negara Kesatuan Republik Indonesia;
2. pendiriannya sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan; dan
3. bersifat nonprofit;

2. barang untuk keperluan penelitian dan pengembangan ilmu pengetahuan oleh:

1. perguruan tinggi;
2. kementerian atau lembaga pemerintah yang melaksanakan kegiatan penelitian dan/atau pengembangan ilmu pengetahuan dan teknologi; atau
3. badan atau lembaga berbadan hukum yang melakukan kegiatan usaha dan salah satu kegiatannya melakukan penelitian atau percobaan guna peningkatan atau pengembangan ilmu pengetahuan dan teknologi sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan;

3. barang untuk keperluan khusus penyandang disabilitas oleh badan atau lembaga sosial yang mengurus penyandang disabilitas;
4. peti atau kemasan lain yang berisi jenazah atau abu jenazah;
5. barang pindahan tenaga kerja Indonesia yang bekerja di luar negeri, mahasiswa yang belajar di luar negeri, pegawai negeri sipil, anggota Tentara Nasional Indonesia, atau anggota Kepolisian Negara Republik Indonesia yang bertugas di luar negeri paling singkat 1 (satu) tahun, jika barang tersebut tidak untuk diperdagangkan dan mendapat rekomendasi dari perwakilan Republik Indonesia setempat;
6. barang pribadi penumpang, awak sarana pengangkut, pelintas batas, dan barang kiriman sampai batas jumlah tertentu sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan di bidang kepabeanan;
7. barang Impor sementara sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan mengenai Impor sementara;
8. barang yang dipergunakan oleh kontraktor kontrak kerja sama untuk:

1. kegiatan usaha hulu minyak dan gas bumi meliputi eksplorasi dan eksploitasi; atau
2. kegiatan penyelenggaraan panas bumi untuk pemanfaatan tidak langsung yang meliputi penugasan survei pendahuluan dan eksplorasi, eksplorasi, eksploitasi, dan pemanfaatan;

1. barang yang telah diekspor kemudian diimpor kembali dalam kualitas yang sama dengan kualitas pada saat diekspor;
10. barang yang telah diekspor untuk keperluan perbaikan, pengerjaan, dan pengujian, kemudian diimpor kembali;
11. barang dan bahan untuk diolah, dirakit, atau dipasang pada barang lain yang mendapat kemudahan Impor untuk tujuan ekspor;
50. barang dan bahan atau mesin yang diimpor oleh usaha atau industri mikro, kecil, dan menengah atau konsorsium untuk usaha atau industri mikro, kecil, dan menengah dengan menggunakan kemudahan Impor untuk tujuan ekspor;
1000. barang dalam rangka perjanjian kerja sama/karya pengusahaan pertambangan batubara yang dilakukan oleh kontraktor perjanjian kerja sama/karya pengusahaan pertambangan batubara dengan ketentuan sebagai berikut:

1. kontraknya ditandatangani sebelum tahun 1990;
2. kontraknya mencantumkan ketentuan mengenai pemberian pembebasan atau keringanan Bea Masuk atas Impor barang dalam rangka perjanjian kerja sama/karya pengusahaan pertambangan batubara;
3. kontraknya tidak mencantumkan ketentuan mengenai jangka waktu pemberian pembebasan atau keringanan Bea Masuk; dan
4. barang impornya merupakan barang milik negara; dan

14. barang kiriman hadiah/hibah untuk kepentingan penanggulangan bencana alam yang diajukan oleh:

1. badan atau lembaga yang bergerak di bidang ibadah untuk umum, amal, sosial, atau kebudayaan;
2. pemerintah pusat dan pemerintah daerah; atau
3. lembaga internasional atau lembaga asing nonpemerintah.