Penyelenggaraan kegiatan penelitian dan pengembangan tertentu (Research & Development/R&D) di wilayah IKN oleh Wajib Pajak merupakan salah satu kegiatan yang dapat diberikan fasilitas pajak berupa pengurangan penghasilan bruto. Dalam Pasal 93 PMK Nomor 28 Tahun 2024, dijelaskan secara rinci mengenai pemberian fasilitas pajak tersebut, yaitu:
a.    Pengurangan penghasilan bruto sebesar 100% dari jumlah biaya yang dikeluarkan untuk kegiatan penelitian dan pengembangan; dan
b.    Tambahan pengurangan penghasilan bruto paling tinggi 250% dari akumulasi biaya yang dikeluarkan untuk kegiatan penelitian dan pengembangan tertentu dalam jangka waktu tertentu, yang meliputi:
-    50% jika penelitian dan pengembangan menghasilan HAKI berupa paten atau hak PVT yang didaftarkan di kantor paten atau kantor PVT dalam negeri;
-    25% jika penelitian dan pengembangan menghasilkan HAKI berupa paten atau hak PVT yang selain didaftarkan di kantor paten atau kantor PVT dalam negeri, juga didaftarkan di kantor Paten atau kantor PVT luar negeri;
-    125% jika penelitian dan pengembangan mencapai tahap komersialisasi; dan/atau
-    50% jika penelitian dan pengembangan yang menghasilkan HAKI berupa paten atau hak PVT dan/atau mencapai tahap komersialisasi, juga dilakukan melalui kerja sama dengan lembaga penelitian dan pengembangan pemerintah pusat dan pemerintah daerah dan/atau lembaga pendidikan tinggi yang ada di Indonesia.