Faktur Pajak dianggap tidak lengkap apabila pencantuman kode transaksi tidak sesuai dengan ketentuan. Contohnya, penyerahan jasa pengurusan transportasi (freight forwarding)  yang di dalam tagihan jasa pengurusan transportasi tersebut terdapat biaya transportasi (freight charges) sesuai dengan Pasal 2 Peraturan Menteri Keuangan Republik Indonesia Nomor 71/PMK.03/2022 tentang Pajak Pertambahan Nilai Atas Penyerahan Jasa Kena Pajak Tertentu, Pengusaha Kena Pajak (PKP) wajib memungut dan menyetorkan Pajak Pertambahan Nilai Barang dan Jasa (PPN) dengan besaran tertentu yaitu kode transaksi dalam faktur pajak adalah 05.

Penggunaan kode transaksi yang harus sesuai, juga telah disebutkan dalam Lampiran huruf A Peraturan Direktur Jenderal Pajak Nomor PER-03/PJ/2022 sebagaimana telah diubah terakhir dengan PER-11/PJ/2022 tentang Faktur Pajak sebagai berikut:

PT I menjual sepatu kepada distributor CV J, NPWP 72.345.678.9-012.000, yang beralamat di Jalan Gatot Subroto No. 42D, Senayan, Kebayoran Baru, Jakarta Selatan 12190. Atas penjualan sepatu tersebut, PT I membuat Faktur Pajak dengan mencantumkan kode transaksi 04 pada isian kode dan NSFP.

Dengan demikian, PT I membuat Faktur Pajak yang diisi secara tidak lengkap karena Faktur Pajak berisi keterangan yang tidak sesuai dengan tata cara sebagaimana tercantum dalam Lampiran huruf B angka 2 huruf a angka (1) Peraturan Direktur Jenderal ini, yaitu mencantumkan kode transaksi 04, seharusnya kode transaksi 01

Jika PKP membuat faktur pajak yang diisi secara tidak lengkap, sesuai dengan ketentuan dalam Pasal 31 Ayat (3) PER-03/PJ/2022 sebagaimana telah diubah terakhir dengan PER-11/PJ/2022 tentang Faktur Pajak akan dikenai sanksi administrasi. Adapun ketentuan sanksi administrasi itu sesuai dengan amanat Pasal 14 Ayat (4) Undang-Undang Ketentuan Umum dan Tata Cara Perpajakan (KUP). PPN yang tercantum dalam faktur pajak yang diisi secara tidak lengkap merupakan pajak masukan yang tidak dapat dikreditkan.