PMK 79/2024 yang diterbitkan tanggal 18 Oktober 2024 mengatur tentang Ketentuan Perpajakan atas Kerja Sama Operasi (KSO) yang meliputi Pajak Pertambahan Nilai (PPN) atau Pajak Pertambahan Nilai dan Pajak Penjualan atas Barang Mewah (PPnBM) serta Pajak Penghasilan (PPh).

Untuk PPN, telah diatur dalam Pasal 3 PP 1/2012 yang menyatakan bahwa KSO termasuk bagian dari pengertian bentuk badan lainnya yang diwajibkan melaporkan usahanya untuk dikukuhkan sebagai Pengusaha Kena Pajak (PKP) dalam hal KSO melakukan penyerahan BKP dan/atau JKP atas nama bentuk kerja sama operasi. Kemudian, PP 44/2022 yang mencabut PP 1/2012 menegaskan kembali hal yang telah diatur sebelumnya, bahkan dalam penjelasan Pasal 3 Ayat (2) diberikan contoh konkret KSO yang wajib PKP dan yang tidak wajib PKP.

Sementara untuk PPh, sebelumnya terdapat PER 04/PJ/2020 yang mencantumkan KSO (joint operation) dalam definisi Badan sehingga mempunyai kewajiban PPh Badan. Definisi ini berbeda dengan definisi menurut UU KUP, UU PPh, dan UU PPN, di mana KSO tidak tercantum dalam cakupan definisi Badan. Kemudian PER 04/PJ/2020 dicabut dengan PER 7/PJ/2025 dengan tidak lagi mencantumkan KSO dalam definisi Badan. Meskipun demikian, PER 7/PJ/2025 mengatur kewajiban Wajib Pajak Badan berbentuk KSO untuk mendaftarkan diri ke Kantor Pelayanan Pajak.  Pasal 1 angka 21 dari PER 7/PJ/2025 memberi definisi KSO sebagai Badan yang berbentuk pengaturan bersama antar anggota KSO yang mengatur bahwa anggotanya memiliki pengendalian bersama atau memiliki hak atas aset dan kewajiban terhadap liabilitas, dengan nama dan dalam bentuk apa pun. 

Form vs Substance

PMK 79/2024 mengatur perlakuan perpajakan bagi KSO yang wajib dan yang tidak wajib mendaftarkan diri untuk memperoleh NPWP sebagai Wajib Pajak Badan dan melaporkan usahanya untuk dikukuhkan sebagai PKP. Dalam Pasal 3 Ayat (1) dinyatakan bahwa KSO wajib mendaftarkan diri untuk memperoleh NPWP sebagai Wajib Pajak Badan apabila perjanjian kerja sama KSO atau pelaksanaan kerja samanya memenuhi 3 (tiga) kriteria, yaitu dalam hal atas nama KSO: (1) melakukan penyerahan barang dan/atau jasa; (2) menerima atau memperoleh penghasilan; dan/atau (3) mengeluarkan biaya atau membayarkan penghasilan kepada pihak lain. Apabila tidak memenuhi kriteria tersebut, menurut Pasal 18 Ayat (1) KSO tidak wajib mendaftarkan diri untuk memperoleh NPWP.

Penggunaan kata “atau” dalam Pasal 3 Ayat (1) bermakna alternatif. Jika salah satu terpenuhi, baik secara perjanjian (form) atau realisasi pelaksanaannya (substance), maka KSO demikian diperlakukan sebagai Wajib Pajak Badan yang wajib mendaftarkan diri untuk memperoleh NPWP dan wajib melaporkan usahanya untuk dikukuhkan sebagai PKP.

Timbul pertanyaan, bagaimana jika perjanjian kerja sama operasi menunjukkan adanya ketiga kriteria dimaksud, namun realisasi tidak sesuai dengan perjanjian? Apakah KSO tersebut tetap diperlakukan sebagai Wajib Pajak Badan?

Misalnya, dalam pelaksanaan suatu pekerjaan konstruksi, faktanya masing-masing anggota KSO melakukan penyerahan jasa, menagih dan mengeluarkan biaya atas nama masing-masing anggota KSO kepada pemilik proyek, bukan atas nama KSO, meskipun dalam perjanjian menunjukkan adanya ketiga kriteria tersebut, yaitu dilakukan atas nama KSO. Hal ini dalam praktik bisa saja terjadi sepanjang disetujui oleh pemilik proyek. Lalu, apakah dapat diperlakukan bahwa KSO tersebut bukan Wajib Pajak Badan yang wajib mendaftarkan diri untuk memperoleh NPWP? PMK 79/2024 tidak mengatur hal ini sehingga menimbulkan ketidakpastian dalam implementasinya, apakah sesungguhnya yang diutamakan adalah isi perjanjian (form) atau fakta realisasi pelaksanaannya (substance) dalam menentukan status KSO sebagai Wajib Pajak Badan. Ketentuan perpajakan atas KSO seyogianya dapat memberi kepastian agar tidak memicu sengketa pajak dalam implementasinya.