Wajib Pajak dengan kemauan sendiri dapat membetulkan SPT yang telah disampaikan dengan menyampaikan pernyataan tertulis dengan syarat dirjen pajak belum menyampaikan Surat Pemberitahuan Pemeriksaan atau Surat Pemberitahuan Pemeriksaan Bukti Permulaan secara terbuka kepada Wajib Pajak, Wakil, Kuasa, Pegawai, atau Anggota Keluarga yang telah dewasa dari Wajib Pajak. Sesuai dengan Pasal 20 Ayat (2) PMK 243/2014 s.t.d.t.d PMK 18/2021, pernyataan tertulis dalam pembetulan SPT tersebut dilakukan dengan cara memberi tanda pada tempat yang telah disediakan dalam SPT yang menyatakan bahwa Wajib Pajak yang bersangkutan membetulkan SPT. Sementara itu, apabila Wajib Pajak membetulkan sendiri SPT Masa yang mengakibatkan utang pajak menjadi lebih besar maka kepadanya dikenai sanksi administrasi berupa bunga sebesar tarif bunga per bulan yang ditetapkan oleh Menteri keuangan.

Tarif bunga per bulan tersebut dihitung dari jumlah pajak yang masih harus dibayar dan dikenakan paling lama 24 bulan serta bagian dari bulan dihitung penuh 1 bulan sebagaimana dimaksud dalam Psal 8 Ayat (2a) UU KUP.

Pembetulan SPT Masa PPN yang menyatakan rugi atau lebih bayar harus disampaikan paling lama 2 tahun sebelum daluwarsa penetapan. Adapun daluwarsa penetapan adalah jangka waktu 5 tahun setelah saat terutangnya pajak atau berakhirnya masa pajak, bagian tahun pajak, atau tahun pajak. Jika pembetulan SPT Masa PPN melewati 3 tahun maka pembetulan SPT Masa PPN itu dianggap tidak disampaikan. Wajib Pajak yang pernah menyampaikan SPT Masa dalam bentuk dokumen elektronik maka SPT Masa PPN tersebut wajib disampaikan setiap Pengusaha Kena Pajak (PKP) dalam bentuk elektronik.