Selain harus memenuhi kriteria-kriteria yang telah ditetapkan untuk dapat memanfaatkan fasilitas berupa pengurangan PPh Badan, ada beberapa prosedur yang harus dijalankan oleh Wajib Pajak yang melakukan penanaman modal IKN. Hal ini diatur dalam Pasal 11 s.d. Pasal 15 PMK Nomor 28 Tahun 2024, yaitu:
a.    Wajib Pajak harus punya perizinan berusaha dari sistem OSS,
b.    Sistem OSS akan melakukan penelitian kesesuaian pemenuhan kriteria untuk mendapatkan fasilitas pengurangan PPh Badan dan setelahnya akan diberikan pemberitahuan melalui sistem OSS apakah Wajib Pajak memenuhi atau tidak memenuhi kriteria,
c.    Bagi Wajib Pajak yang sudah mendapat pemberitahuan memenuhi kriteria, selanjutnya dapat mengajukan permohonan fasilitas dengan mengunggah dokumen berupa salinan digital rincian aktiva tetap berwujud dalam rencana nilai penanaman modal. Permohonan ini harus dilakukan sebelum saat mulai beroperasi komerisal dan paling lambat 1 tahun setelah tanggal penerbitan Perizinan Berusaha dari OSS,
d.    Unggahan tersebut akan diteruskan kepada Menteri sebagai usual pemberian fasilitas pengurangan PPh Badan dan akan dilakukan penelitian dalam jangka waktu paling lama 5 hari kerja,
e.    Apabila sudah lengkap dan benar, maka OSS akan menyampaikan pemberitahuan dan keputusan persetujuan fasilitas pengurangan PPh Badan akan diterbitkan paling lama 5 hari kerja yang disetujui oleh Menteri Keuangan,
f.    Apabila permohonan dianggap tidak sesuai, maka OSS akan mengirimkan info untuk dilakukan pembetulan. Namun pembetulan ini harus dilakukan maksimal 5 hari kerja. Jika dilakukan lebih dari itu, maka permohonan akan dikembalikan. Wajib Pajak masih tetap dapat mengajukan permohonan ulang kembali selama masih memenuhi kriteria,
g.    Jika sudah memiliki Keputusan persetujuan fasilitas pengurangan PPh Badan, maka Wajib Pajak bisa selanjutnya mengajukan permohonan pemanfaatan fasilitas pengurangan PPh Badan setelah mulai beroperasi komersial.