Usaha kos-kosan termasuk dalam kategori jasa pelayanan penginapan. Namun, jasa penginapan ini tidak termasuk dalam objek Pajak Penghasilan (PPh) atas persewaan bangunan. Hal ini tercantum dalam Peraturan Pemerintah (PP) Nomor 34 Tahun 2017 tentang Pajak Penghasilan atas Penghasilan dari Persewaan Tanah dan/atau Bangunan, yang juga mencabut PP Nomor 5 Tahun 2002. Menurut ketentuan Pasal 2 PP Nomor 34 Tahun 2017, penghasilan yang berasal dari persewaan tanah dan/atau bangunan dikenakan PPh Final. Namun, perlu diperhatikan bahwa penghasilan yang diperoleh dari jasa penginapan, seperti kamar kos atau asrama, tidak dikenakan pajak tersebut.

Bagi pengusaha kos-kosan yang memiliki omzet maksimal Rp4,8 miliar dalam setahun, mereka dapat dikategorikan sebagai pelaku usaha mikro, kecil, dan menengah (UMKM) dan berhak menggunakan fasilitas tarif PPh Final sebesar 0,5%. Ketentuan ini diatur dalam Peraturan Pemerintah Nomor 23 Tahun 2018 (PP 23). Dengan demikian, penghasilan yang diterima oleh pengusaha kos-kosan akan dikenakan PPh Final dengan tarif 0,5%. Pajak Penghasilan Final yang terutang harus disetorkan paling lambat tanggal 15 bulan berikutnya, dan bukti setor tersebut harus dilampirkan dalam SPT Tahunan Wajib Pajak. Selain itu, berdasarkan Undang-Undang Harmonisasi Peraturan Perpajakan (UU HPP), terdapat insentif bagi pelaku UMKM orang pribadi yang menghitung PPh Final menggunakan tarif 0,5% (berdasarkan PP 23). Insentif ini menyatakan bahwa bagi UMKM dengan peredaran bruto hingga Rp500 juta per tahun tidak dikenakan Pajak Penghasilan.

Di samping Pajak Penghasilan, banyak pemilik kos-kosan yang juga mempertanyakan mengenai kewajiban Pajak Pertambahan Nilai (PPN) dan Pajak Hotel. Pada Pasal 4A Undang-Undang PPN, sebagaimana terakhir diubah oleh UU HPP, dijelaskan bahwa jasa perhotelan, yang mencakup penyewaan kamar dan/atau penyewaan ruangan di hotel, merupakan objek pajak daerah dan bukan objek PPN. Sehingga dapat disimpulkan bahwa kos-kosan tidak dikenakan PPN. Lebih lanjut, berdasarkan Undang-Undang Nomor 1 Tahun 2022 tentang Hubungan Keuangan antara Pemerintah Pusat dan Pemerintah Daerah (HKPD), kos-kosan tidak termasuk dalam pengertian hotel. Dengan demikian, kos-kosan bukan merupakan objek pajak daerah.