Lembaga pendidikan keagamaan seperti pesantren, pasraman maupun pabhaja samanera merupakan subjek pajak badan yang memiliki hak dan kewajiban perpajakan secara mandiri. Apabila sudah memenuhi persyaratan subjektif dan objektif, lembaga pendidikan keagamaan wajib mendaftarkan diri untuk memperoleh NPWP. Pendaftaran NPWP dapat dengan mudah dilakukan secara elektronik melalui portal Coretax DJP. Dokumen yang diperlukan adalah salinan akta pendirian atau perubahan serta identitas pengurus. Selain itu, dalam hal lembaga pendidikan keagamaan melakukan penyerahan Barang dan/atau Jasa Kena Pajak dan sudah melebihi batas Rp4,8 miliar dalam setahun, maka wajib untuk melaporkan usahanya untuk dikukuhkan sebagai Pengusaha Kena Pajak.

Melalui Peraturan Pemerintah Nomor 49 tahun 2022, pemeritah memberikan fasilitas berupa pembebasan pengenaan Pajak Pertambahan Nilai (PPN) atas penyerahan jasa pendidikan formal maupun nonformal. Selain itu, jasa di bidang keagamaan seperti pelayanan rumah ibadah serta penyelenggaraaan kegiatan keagamaan merupakan kelompok jasa yang tidak dikenakan PPN.

Dalam aspek Pajak Penghasilan (PPh), penerimaan yang diperoleh oleh lembaga nirlaba pendidikan pada dasarnya merupakan objek pajak. Namun, pemerintah memberikan fasilitas pengecualian PPh dengan nama sisa lebih. Sisa lebih adalah selisih dari seluruh penghasilan selain PPh Final dan bukan objek pajak, dikurangi biaya operasional yang terkait dengan 3M (mendapatkan, menagih, dan memelihara) penghasilan. Sisa lebih tersebut dikecualikan dari objek PPh apabila ditanamkan kembali dalam bentuk pembangunan atau pengadaan sarana dan prasarana kegiatan pendidikan dalam jangka waktu paling lama 4 (empat) tahun sejak diperoleh. Pemanfaatan sisa lebih ini mencakup pengadaan peralatan kelas, laboratorium, gedung, perpustakaan, hingga alokasi Dana Abadi bagi lembaga yang memenuhi kriteria akreditasi tertinggi. Dalam hal terdapat sisa lebih yang digunakan tidak sesuai ketentuan, maka sisa lebih wajib diakui sebagai tambahan objek PPh pada akhir tahun pajak keempat melalui koreksi fiskal positif. Rekapitulasi penggunaan sisa lebih harus dilaporkan dalam pelaporan SPT Tahunan PPh Badan melalui sistem Coretax dengan mengisi lampiran L14. Selain itu, badan/lembaga pendidikan juga harus melaporkan laporan keuangan komersial dan laporan keuangan fiskal pada SPT Tahunan PPh Badan. 

Selain kewajiban PPh Badan, lembaga pendidikan keagamaan bertindak sebagai pemotong atau pemungut pajak atas transaksi operasional harian. Kewajiban ini meliputi pemotongan PPh Pasal 21 atas pembayaran gaji, honorarium, dan upah tenaga pendidik maupun staf; PPh Pasal 23 sebesar 2% atas penggunaan jasa atau sewa aset non-tanah/bangunan; serta PPh Pasal 4 Ayat (2) atas sewa tanah/bangunan (10%) dan pemotongan atas jasa konstruksi.