Kelebihan pembayaran angsuran PPh Pasal 25 diantaranya dapat terjadi karena 3 kondisi, yaitu:

1. SPT Tahunan PPh tahun pajak yang lalu disampaikan setelah lewat batas waktu yang ditentukan (wajib pajak terlambat menyampaikan SPT Tahunan PPh).
2. Wajib Pajak diberikan perpanjangan jangka waktu penyampaian SPT Tahunan PPh. Dalam kondisi ini besarnya angsuran PPh Pasal 25 yang dibayarkan adalah sebesar penghitungan sementara angsuran PPh Pasal 25. Setelah wajib pajak menyampaikan SPT Tahunan PPh maka besarnya angsuran PPh Pasal 25 dihitung kembali berdasarkan SPT Tahunan PPh.
3. Wajib Pajak membetulkan sendiri SPT Tahunan PPh yang mengakibatkan angsuran bulanan lebih besar dari angsuran bulanan sebelum pembetulan. Dalam kondisi ini, besarnya angsuran PPh Pasal 25 dihitung kembali berdasarkan SPT Tahunan pembetulan tersebut.

Apabila penghitungan kembali besarnya angsuran PPh Pasal 25 pada ketiga kondisi di atas membuat jumlah PPh Pasal 25 yang telah dibayarkan lebih besar daripada yang seharusnya, berarti ada kelebihan pembayaran angsuran PPh Pasal 25.

Wajib Pajak yang memiliki kelebihan pembayaran angsuran PPh Pasal 25 bisa memilih di antara 2 opsi tindakan, yaitu:

1. Dimintakan pengembalian atas kelebihan pembayaran pajak yang seharusnya tidak terutang (restitusi)
2. Dikreditkan dalam SPT Tahunan PPh.

Bahwa ketentuan tersebut berbeda dibandingkan dengan beleid terdahulu, yaitu KEP-537/PJ/2000. Sesuai dengan KEP-537/PJ/2000, kelebihan setoran PPh Pasal 25 dapat dipindahbukukan ke PPh Pasal 25 bulan-bulan berikutnya. Namun, KEP-537/PJ/2000 saat ini sudah dicabut dan digantikan dengan PER-11/PJ/2025.