Berdasarkan Pasal 16 PMK 59/PMK.03/2022 s.t.d.t.d. PMK 81 Tahun 2024, instansi pemerintah ditunjuk sebagai pemungut PPN atau PPN dan PPnBM yang terutang atas penyerahan Barang Kena Pajak dan/atau Jasa Kena Pajak oleh PKP rekanan pemerintah kepada instansi pemerintah. Sehingga, apabila penjual melakukan penyerahan kepada instansi pemerintah, maka instansi pemerintah wajib memungut, menyetor, dan melaporkan PPN atau PPN dan PPnBM yang terutang.

Namun, terdapat kondisi tertentu dimana PPN dan/atau PPnBM tidak dipungut oleh instansi pemerintah. Hal itu diatur dalam Pasal 18 PMK 59/PMK.03/2022 s.t.d.t.d. PMK 81 Tahun 2024, yaitu:

1. pembayaran yang jumlahnya paling banyak Rp2.000.000,00 (dua juta rupiah) tidak termasuk jumlah PPN atau PPN dan PPnBM yang terutang, dan bukan merupakan pembayaran yang dipecah dari suatu transaksi yang nilai sebenarnya lebih dari Rp2.000.000,00 (dua juta rupiah);
2. pembayaran dengan kartu kredit pemerintah atas belanja instansi pemerintah;
3. pembayaran untuk pengadaan tanah;
4. pembayaran atas penyerahan bahan bakar minyak dan bahan bakar bukan minyak oleh PT Pertamina (Persero) dan/atau anak usaha PT Pertamina (Persero) yang meliputi PT Pertamina Patra Niaga, PT Kilang Pertamina Internasional, dan PT Elnusa Pertrofin;
5. pembayaran atas penyerahan jasa telekomunikasi oleh perusahaan telekomunikasi;
6. pembayaran atas jasa angkutan udara yang diserahkan oleh perusahaan penerbangan;
7. pembayaran atas penyerahan Barang Kena Pajak dan/atau Jasa Kena Pajak yang menurut ketentuan peraturan perundang-undangan di bidang perpajakan, mendapat fasilitas PPN tidak dipungut atau dibebaskan dari pengenaan PPN; dan/atau
8. pembayaran dengan mekanisme Uang Persediaan atas penyerahan Barang Kena Pajak dan/atau Jasa Kena Pajak oleh PKP rekanan pemerintah kepada instansi pemerintah yang dilakukan melalui Pihak Lain dalam Sistem Informasi Pengadaan.

Dengan demikian, atas transaksi yang tidak dilakukan pemungutan oleh instansi pemerintah sebagaimana diatur diatas, PPN yang terutang dipungut, disetor dan dilaporkan oleh PKP rekanan pemerintah atau oleh pihak lain yang ditunjuk sebagai pemungut apabila PPN dipungut, disetor, dan dilaporkan oleh Pihak Lain.