Wajib Pajak yang melakukan kegiatan penelitian dan pengembangan (Research & Development/R&D) di wilayah Ibu Kota Nusantara (IKN) dapat memanfaatkan fasilitas pajak berupa pengurangan penghasilan bruto sebesar paling tinggi 350% dari jumlah biaya yang dikeluarkan untuk kegiatan penelitian dan pengembangan yang dilakukan di IKN. Presentase tersebut terdiri dari 100% jumlah biaya yang pasti diberikan bagi kegiatan penelitian dan pengembangan yang mendapat persetujuan dan memenuhi kriteria dan tambahan pengurangan penghasilan bruto sebesar paling tinggi 250% dengan kriteria tersendiri.

Lebih lanjut diatur dalam Peraturan Menteri Keuangan Nomor 28 Tahun 2024 (PMK 28/2024) tentang Fasilitas Perpajakan dan Kepabeanan di Ibu Kota Nusantara, kegiatan R&D tertentu yang dilakukan di IKN yang memperoleh fasilitas pajak adalah kegiatan R&D yang dilakukan untuk menghasilkan invensi, mengembangkan inovasi, penguasaan teknologi baru, dan/atau alih teknologi bagi pengembangan industri untuk peningkatan daya saing industri nasional. 

Dalam Pasal 97 PMK 28/2024, dijelaskan mengenai biaya terkait R&D apa saja yang mendapat fasilitas pengurangan penghasilan bruto, yaitu:
a.    Biaya yang berkaitan dengan aktiva termasuk bangunan, berupa biaya penyusutan aktiva tetap berwujud dan/atau biaya amortisasi aktiva tidak berwujud, dan biaya penunjang aktiva tetap berwujud yang meliputi listrik, air, bahan bakar dan biaya pemeliharaan;
b.    Biaya yang berkaitan dengan barang dan/atau bahan;
c.    Biaya gaji, honor, atau pembayaran sejenis yang dibayarkan kepada pegawai, peneliti, dan/atau perekayasa yang dipekerjakan;
d.    Biaya pengurusan untuk mendapatkan HAKI berupa paten atau hak PVT; dan/atau
e.    Biaya pembayaran imbalan yang dibayarkan kepada lembaga penelitian dan pengembangan dan/atau lembaga pendidikan tinggi yang berada di Indonesia dan dikontrak oleh Wajib Pajak untuk melakukan kegiatan penelitian dan pengembangan tanpa memiliki hak atas hasil dari penelitian dan pengembangan yang dilakukan.

Biaya-biaya tersebut harus dibebankan sesuai proposal kegiatan R&D dan apabila tidak dapat dipisahkan maka pembebanan harus dilakukan secara proporsional berdasarkan waktu pemanfaatan dan penugasan.